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万見
- PDB-1bbl: THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF THE E3-BINDING DOMAIN OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bbl
タイトルTHREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF THE E3-BINDING DOMAIN OF THE DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE CORE FROM THE 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI
要素DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE
キーワードGLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / lipoic acid binding / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide succinyltransferase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme ...Dihydrolipoamide succinyltransferase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Robien, M.A. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional solution structure of the E3-binding domain of the dihydrolipoamide succinyltransferase core from the 2-oxoglutarate dehydrogenase multienzyme complex of Escherichia coli.
著者: Robien, M.A. / Clore, G.M. / Omichinski, J.G. / Perham, R.N. / Appella, E. / Sakaguchi, K. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1992年2月20日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5091
ポリマ－5,5091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE


分子量: 5509.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07016, UniProt: P0AFG6*PLUS, dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

精密化ソフトェア番号: 1
詳細: DETAILS OF THE STRUCTURE DETERMINATION AND ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. THE STRUCTURES ARE BASED ON 630 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS ...詳細: DETAILS OF THE STRUCTURE DETERMINATION AND ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. THE STRUCTURES ARE BASED ON 630 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE MEASUREMENTS; AND 46 PHI AND 35 PSI BACKBONE TORSION ANGLE RESTRAINTS AND 20 CHI1 SIDE CHAIN TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM COUPLING CONSTANTS AND NOE DATA. THE LATTER ARE OBTAINED USING THE CONFORMATIONAL GRID SEARCH PROGRAM STEREOSEARCH (M.NILGES,G.M.CLORE,A.M.GRONENBORN (1990) BIOPOLYMERS 29, 813-822). THE METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURES IS THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD (M.NILGES,G.M.CLORE, A.M.GRONENBORN, FEBS LETT. 229, 317-324 (1988)). THIS ENTRY CONTAINS THE SIMULATED ANNEALING RESONANCE MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. THE COORDINATES OF 56 INDIVIDUAL STRUCTURES ARE PRESENTED IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 1BAL. (SA)R RESTRAINED MINIMIZED MEAN STRUCTURE WAS DERIVED BY AVERAGING THE COORDINATES OF THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES BEST FITTED TO RESIDUES 14 - 30 AND 39 - 47, AND SUBJECTING THE RESULTING COORDINATES TO RESTRAINED MINIMIZATION. RESIDUES 1 - 11 AND 48 - 51 ARE COMPLETELY DISORDERED AND ARE NOT INCLUDED IN THE COORDINATE SET. THE QUANTITY PRESENTED IN COLUMNS 61 - 66 OF THIS ENTRY HAS NO MEANING. THE QUANTITY PRESENTED IN COLUMNS 61 - 66 OF ENTRY 1BAL REPRESENTS THE ATOMIC RMS DEVIATIONS OF THE 56 INDIVIDUAL STRUCTURES ABOUT THE MEAN STRUCTURE. ALL THE INTERPROTON DISTANCE AND TORSION ANGLE RESTRAINTS ARE PRESENTED IN PROTEIN DATA BANK ENTRY R1BBLMR.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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