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- PDB-1bb7: LYSOZYME COMPLEX WITH 4-METHYL-UMBELLIFERYL CHITOBIOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bb7
タイトルLYSOZYME COMPLEX WITH 4-METHYL-UMBELLIFERYL CHITOBIOSE
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE / N-ACETYL-MURAMIDASE / UMBELLIFERONE GLYCOSIDES
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-METHYL-UMBELLIFERYL-N-ACETYL-CHITOBIOSE / Lysozyme C II
類似検索 - 構成要素
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法X線回折 / PHASES FOR NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2 Å
データ登録者Vollan, V.B. / Hough, E. / Karlsen, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structural studies on the binding of 4-methylumbelliferone glycosides of chitin to rainbow trout lysozyme.
著者: Vollan, V.B. / Hough, E. / Karlsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Crystal Structures of Three Complexes between Chito-Oligosaccharides and Lysozyme from the Rainbow Trout. How Distorted is the Nag Sugar in Site D?
著者: Karlsen, S. / Hough, E.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Refined Crystal Structure of Lysozyme from the Rainbow Trout (Oncorhynchus Mykiss)
著者: Karlsen, S. / Eliassen, B.E. / Hansen, L.K. / Larsen, R.L. / Riise, B.W. / Smalas, A.O. / Hough, E. / Grinde, B.
履歴
登録1998年4月29日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8862
ポリマ－14,3031
非ポリマー5831
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.420, 76.420, 54.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME / N-ACETYL-MURAMIDASE


分子量: 14303.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 器官: KIDNEY / 参照: UniProt: P11941, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-GUM / 4-METHYL-UMBELLIFERYL-N-ACETYL-CHITOBIOSE / 4-METHYLUMBELLIFERYL CHITOBIOSE


分子量: 582.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H34N2O13
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 10 / 詳細: pH 10.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Karlsen, S., (1995) Acta Crystallogr.,Sect.D, 51, 354.
PH range low: 10 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 Macetate1reservoir
20.1 Mcitrate1reservoir
30.1 Mphosphate1reservoir
418 mg/mllysozyme1drop80& of typeI and 20% of type II
530-45 %satammonium sulfate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年3月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→22 Å / Num. obs: 11498 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 83.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 27802
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
PROLSQ精密化
MADNESデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: PHASES FOR NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 -5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs-11483 --
原子変位パラメータBiso mean: 20.97 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数999 0 41 132 1172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0420.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0290.06
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.160.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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