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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1baz | ||||||
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タイトル | ARC REPRESSOR MUTANT PHE10VAL | ||||||
要素 | ARC REPRESSOR | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Schildbach, J.F. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Origins of DNA-binding specificity: role of protein contacts with the DNA backbone. 著者: Schildbach, J.F. / Karzai, A.W. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: DNA Recognition by Beta-Sheets in the Arc Repressor-Operator Crystal Structure 著者: Raumann, B.E. / Rould, M.A. / Pabo, C.O. / Sauer, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1baz.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1baz.ent.gz | 34.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1baz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/1baz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/1baz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6190.229 Da / 分子数: 4 / 変異: F10V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 属: P22-like viruses / 遺伝子: ARC / プラスミド: PTA200-FV10 / 遺伝子 (発現宿主): ARC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UA2F / 参照: UniProt: P03050 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 % 解説: THE ARC MUTANT FV10 CRYSTALLIZED NEARLY ISOMORPHOUSLY WITH THE WILD TYPE WHEN CRYSTALLIZING USING MACROSEEDING. THEREFORE, THE WILD TYPE ARC STRUCTURE WAS USED AS THE INITIAL MODEL FOR THE MUTANT. | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 40-45% SATURATED AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, BY MACROSEEDING USING CRYSTALS OF THE WILD TYPE PROTEIN | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 16796 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 50.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 89.9 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 50.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: SCALE UNCONVENTIONAL ORTHORHOMBIC CELL, WITH A AND C SWAPPED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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