[日本語] English
万見
- PDB-1bax: MASON-PFIZER MONKEY VIRUS MATRIX PROTEIN, NMR, AVERAGE STRUCTURE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bax
タイトルMASON-PFIZER MONKEY VIRUS MATRIX PROTEIN, NMR, AVERAGE STRUCTURE
要素M-PMV MATRIX PROTEIN
キーワードMATRIX PROTEIN / CORE PROTEIN / POLYPROTEIN / MYRISTYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein ...Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
手法溶液NMR
データ登録者Conte, M.R. / Klikova, M. / Hunter, E. / Ruml, T. / Matthews, S.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: The three-dimensional solution structure of the matrix protein from the type D retrovirus, the Mason-Pfizer monkey virus, and implications for the morphology of retroviral assembly.
著者: Conte, M.R. / Klikova, M. / Hunter, E. / Ruml, T. / Matthews, S.
履歴
登録1998年4月20日処理サイト: BNL
置き換え1998年6月17日ID: 1AT7
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月10日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: M-PMV MATRIX PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3171
ポリマ－11,3171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 M-PMV MATRIX PROTEIN / M-PMV MA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11316.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) / 属: Betaretrovirus / 参照: UniProt: P07567

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

-
試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る