+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1baw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PLASTOCYANIN FROM PHORMIDIUM LAMINOSUM | ||||||
要素 | PLASTOCYANIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSFER / CYANOBACTERIA / BLUE COPPER PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Phormidium laminosum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bond, C.S. / Guss, J.M. / Freeman, H.C. / Wagner, M.J. / Howe, C.J. / Bendall, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: The structure of plastocyanin from the cyanobacterium Phormidium laminosum. 著者: Bond, C.S. / Bendall, D.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Howe, C.J. / Wagner, M.J. / Wilce, M.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1baw.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1baw.ent.gz | 51.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1baw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1baw_validation.pdf.gz | 437 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1baw_full_validation.pdf.gz | 438 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1baw_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1baw_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/1baw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/1baw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11431.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phormidium laminosum (バクテリア) 細胞株: BL21 / 遺伝子: PETE / プラスミド: PET11D / 遺伝子 (発現宿主): PETE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q51883 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 9030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 8981 / Rmerge(I) obs: 0.114 |
反射 シェル | *PLUS Num. unique obs: 815 / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS/RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.93 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor obs: 0.27 |