[日本語] English
万見
- PDB-1bau: NMR STRUCTURE OF THE DIMER INITIATION COMPLEX OF HIV-1 GENOMIC RN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bau
タイトルNMR STRUCTURE OF THE DIMER INITIATION COMPLEX OF HIV-1 GENOMIC RNA, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素SL1 RNA DIMER
キーワードRNA / RIBONUCLEIC ACID / HIV-1 / DIMERIZATION / ENCAPSIDATION
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR
データ登録者Mujeeb, A. / Clever, J.L. / Billeci, T.M. / James, T.L. / Parslow, T.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the dimer initiation complex of HIV-1 genomic RNA.
著者: Mujeeb, A. / Clever, J.L. / Billeci, T.M. / James, T.L. / Parslow, T.G.
履歴
登録1998年4月18日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SL1 RNA DIMER
B: SL1 RNA DIMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8352
ポリマ－14,8352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 34LOWEST NMR CONSTRAINT VIOLATIONS AND LOWEST AMBER ENERGY.
代表モデル

-
要素

#1: RNA鎖 SL1 RNA DIMER


分子量: 7417.488 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 PACKAGING SIGNAL, RESIDUE 248-270 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA SYNTHESIZED USING T7 RNA TRANSCRIPTION

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOE IN D2O
1212D NOE IN WATER
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: INTERPROTON-DISTANCE INFORMATION (IN THE FORM OF NOE CROSS-PEAKS) WAS COLLECTED FROM 2D NOE EXPERIMENTS IN D2O AS WELL AS IN 90% H2O FOR NON-EXCHANGEABLE AND EXCHANGEABLE PROTONS, RESPECTIVELY. ...Text: INTERPROTON-DISTANCE INFORMATION (IN THE FORM OF NOE CROSS-PEAKS) WAS COLLECTED FROM 2D NOE EXPERIMENTS IN D2O AS WELL AS IN 90% H2O FOR NON-EXCHANGEABLE AND EXCHANGEABLE PROTONS, RESPECTIVELY. 2D NOE EXPERIMENTS WERE CARRIED OUT AT 50, 80, 200 AND 400 M SEC MIXING TIMES. COUPLING CONSTANTS AND SUGAR CONFORMATIONS WERE DEDUCED FROM DQF-COSY EXPERIMENTS.

-
試料調製

詳細内容: D2O AND H2O
試料状態イオン強度: 100 mM NACL / pH: 6.4 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
AMBER精密化
DYANA精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.4GUNTERT,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
Amber4.1構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: RANDOMLY GENERATED STRUCTURES WERE FOLDED IN DYANA USING NMR DRIVEN STRUCTURAL RESTRAINTS. 34 STRUCTURES SHOWING LOWEST TARGET FUNCTION VALUES AND NO CONSISTENT VIOLATIONS OF NMR RESTRAINTS ...詳細: RANDOMLY GENERATED STRUCTURES WERE FOLDED IN DYANA USING NMR DRIVEN STRUCTURAL RESTRAINTS. 34 STRUCTURES SHOWING LOWEST TARGET FUNCTION VALUES AND NO CONSISTENT VIOLATIONS OF NMR RESTRAINTS WERE INDIVIDUALLY SUBJECTED TO RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION IN AMBER 4.1. FOR DETAILS OF REFINEMENT PROTOCOL, PLEASE REFER TO THE REFERENCE ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST NMR CONSTRAINT VIOLATIONS AND LOWEST AMBER ENERGY.
計算したコンフォーマーの数: 34 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る