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- PDB-1b9m: REGULATOR FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b9m
タイトルREGULATOR FROM ESCHERICHIA COLI
要素PROTEIN (MODE)
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-BINDING / GENE REGULATION / WINGED HELIX TURN HELIX / MOLYBDATE / OB FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


ModE complex / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Molybdenum-binding protein ModE, N-terminal / Molybdate-dependent transcriptional regulator ModE / : / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Molybdenum-binding protein ModE, N-terminal / Molybdate-dependent transcriptional regulator ModE / : / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DNA-binding transcriptional dual regulator ModE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hall, D.R. / Gourley, D.G. / Hunter, W.N.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: The high-resolution crystal structure of the molybdate-dependent transcriptional regulator (ModE) from Escherichia coli: a novel combination of domain folds.
著者: Hall, D.R. / Gourley, D.G. / Leonard, G.A. / Duke, E.M. / Anderson, L.A. / Boxer, D.H. / Hunter, W.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Two crystal forms of ModE, the molybdate-dependent transcriptional regulator from Escherichia coli.
著者: Hall, D.R. / Gourley, D.G. / Duke, E.M. / Leonard, G.A. / Anderson, L.A. / Pau, R.N. / Boxer, D.H. / Hunter, W.N.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: Characterisation of the molybdenum-responsive ModE regulatory protein and its binding to the promoter region of the modABCD (molybdenum transport) operon of Escherichia coli.
著者: Anderson, L.A. / Palmer, T. / Price, N.C. / Bornemann, S. / Boxer, D.H. / Pau, R.N.
履歴
登録1999年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MODE)
B: PROTEIN (MODE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5213
ポリマ－57,4622
非ポリマー591
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.610, 127.240, 62.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MODE)


分子量: 28731.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9G8
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
解説: THESE ARE THE PARAMETERS FOR THE DATA SET USED FOR REFINEMENT. THE DATA USED FOR STRUCTURE SOLUTION ARE ALSO SUPPLIED.
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 60 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mM1dropNaWO4
210-18 %PEG80001reservoir
350 mMcacodylic acid1reservoir
4100 mMmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8855, 0.9310
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.88551
20.9311
反射解像度: 1.75→24.15 Å / Num. obs: 205040 / % possible obs: 80.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 31.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 66.4
反射
*PLUS
Num. obs: 53298 / Num. measured all: 205040
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RSPSモデル構築
REVISEモデル構築
RANTANモデル構築
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(AGROVATA)データスケーリング
RSPS位相決定
REVISE位相決定
RANTAN位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→24.15 Å / SU B: 2.94753 / SU ML: 0.09435 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16091 / ESU R Free: 0.15609
詳細: SULPHUR ATOMS OF ALL METHIONINE RESIDUES WERE REPLACED BY SELENIUM ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2663 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs-53298 80.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3857 0 1 426 4284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0360.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8592
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8323
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2722
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.3213
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1560.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2520.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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