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- PDB-1b8q: SOLUTION STRUCTURE OF THE EXTENDED NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8q
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE EXTENDED NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE PDZ DOMAIN COMPLEXED WITH AN ASSOCIATED PEPTIDE
要素
  • PROTEIN (HEPTAPEPTIDE)
  • PROTEIN (NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / PDZ DOMAIN / NNOS / NITRIC OXIDE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hepatic stellate cell contraction / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / response to vitamin B3 / azurophil granule / postsynaptic specialization, intracellular component / negative regulation of vasoconstriction ...negative regulation of hepatic stellate cell contraction / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / response to vitamin B3 / azurophil granule / postsynaptic specialization, intracellular component / negative regulation of vasoconstriction / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / response to nitric oxide / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / regulation of postsynaptic membrane potential / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / behavioral response to cocaine / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / regulation of neurogenesis / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase (NADPH) / sodium channel regulator activity / negative regulation of serotonin uptake / response to vitamin E / postsynaptic density, intracellular component / nitric-oxide synthase activity / multicellular organismal response to stress / xenobiotic catabolic process / L-arginine catabolic process / negative regulation of insulin secretion / NADPH binding / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / nitric oxide metabolic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to epinephrine stimulus / photoreceptor inner segment / T-tubule / nitric oxide biosynthetic process / calyx of Held / secretory granule / sarcoplasmic reticulum / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to activity / cell periphery / female pregnancy / establishment of localization in cell / phosphoprotein binding / response to nicotine / establishment of protein localization / response to lead ion / response to nutrient levels / potassium ion transport / : / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / caveola / response to peptide hormone / Z disc / response to estrogen / cellular response to mechanical stimulus / calcium ion transport / calcium-dependent protein binding / vasodilation / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / nuclear membrane / dendritic spine / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / response to hypoxia / calmodulin binding / postsynaptic density / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / synapse / heme binding / dendrite / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
PDZ domain / Pdz3 Domain / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain ...PDZ domain / Pdz3 Domain / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / PDZ domain / Flavoprotein-like superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitric oxide synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Tochio, H. / Zhang, Q. / Mandal, P. / Li, M. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the extended neuronal nitric oxide synthase PDZ domain complexed with an associated peptide.
著者: Tochio, H. / Zhang, Q. / Mandal, P. / Li, M. / Zhang, M.
履歴
登録1999年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE)
B: PROTEIN (HEPTAPEPTIDE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2972
ポリマ－14,2972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE)


分子量: 13550.674 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29476
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (HEPTAPEPTIDE)


分子量: 745.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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