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万見
- PDB-1b8m: BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR, NEUROTROPHIN-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8m
タイトルBRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR, NEUROTROPHIN-4
要素
  • PROTEIN (BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR)
  • PROTEIN (NEUROTROPHIN-4)
キーワードGROWTH FACTOR/NEUROTROPHIN-4 / COMPLEX (GROWTH FACTOR-GROWTH FACTOR) / NEUROTROPHIN / GROWTH FACTOR-NEUROTROPHIN-4 COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


taste bud development / positive regulation of brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / sensory organ boundary specification / ganglion mother cell fate determination / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF4 activates NTRK2 (TRKB) signaling / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / nerve growth factor receptor binding / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands ...taste bud development / positive regulation of brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / sensory organ boundary specification / ganglion mother cell fate determination / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF4 activates NTRK2 (TRKB) signaling / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / nerve growth factor receptor binding / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / ameloblast differentiation / mechanoreceptor differentiation / negative regulation of myotube differentiation / Activated NTRK2 signals through CDK5 / nerve growth factor signaling pathway / NTRK2 activates RAC1 / nerve development / regulation of protein localization to cell surface / collateral sprouting / Activated NTRK2 signals through FYN / positive regulation of collateral sprouting / Activated NTRK2 signals through PI3K / innervation / positive regulation of synapse assembly / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Activated NTRK2 signals through RAS / epidermis development / long-term memory / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / synapse assembly / NPAS4 regulates expression of target genes / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / positive regulation of receptor binding / adult locomotory behavior / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / synaptic vesicle / nervous system development / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / axon / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brain-derived neurotrophic factor / Neurotrophin-4 / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Brain-derived neurotrophic factor / Neurotrophin-4 / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Neurotrophic factor BDNF precursor form / Neurotrophin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Radziejewski, C. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Choe, S.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: The structures of the neurotrophin 4 homodimer and the brain-derived neurotrophic factor/neurotrophin 4 heterodimer reveal a common Trk-binding site.
著者: Robinson, R.C. / Radziejewski, C. / Spraggon, G. / Greenwald, J. / Kostura, M.R. / Burtnick, L.D. / Stuart, D.I. / Choe, S. / Jones, E.Y.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structure of the Brain-Derived Neurotrophic Factor (Slash)Neurotrophin 3 Heterodimer
著者: Robinson, R.C. / Radziejewski, C. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Heterodimers of the Neurotrophic Factors: Formation, Isolation, and Differential Stability
著者: Radziejewski, C. / Robinson, R.C.
履歴
登録1999年2月1日処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR)
B: PROTEIN (NEUROTROPHIN-4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4802
ポリマ－27,4802
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.700, 105.900, 51.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BRAIN DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR) / BDNF


分子量: 13535.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SUPPLIED BY REGENERON PHARM.; / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: M61176, UniProt: P23560*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN (NEUROTROPHIN-4) / NT4


分子量: 13944.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SUPPLIED BY REGENERON PHARM. / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: M86528, UniProt: P34130*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
322 %PEG80001reservoir
4100 mMPIPES1reservoir
524 amino acid peptide1drop1:2 ratio (NT4 protomer:peptide)

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データ収集

回折平均測定温度: 270 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20 Å / Num. obs: 7858 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BNF

1bnf


解像度: 2.75→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 -5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-7858 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 0 57 1778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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