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- PDB-1b72: PBX1, HOMEOBOX PROTEIN HOX-B1/DNA TERNARY COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b72
タイトルPBX1, HOMEOBOX PROTEIN HOX-B1/DNA TERNARY COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
  • PROTEIN (HOMEOBOX PROTEIN HOX-B1)
  • PROTEIN (PBX1)
キーワードPROTEIN/DNA / HOMEODOMAIN / DNA / COMPLEX / DNA-BINDING PROTEIN / PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


rhombomere 4 development / rhombomere 5 development / facial nucleus development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / urogenital system development / facial nerve structural organization / embryonic skeletal system morphogenesis / natural killer cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development ...rhombomere 4 development / rhombomere 5 development / facial nucleus development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / urogenital system development / facial nerve structural organization / embryonic skeletal system morphogenesis / natural killer cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / eye development / pattern specification process / steroid biosynthetic process / embryonic limb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / embryonic hemopoiesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of ossification / negative regulation of neuron differentiation / embryonic organ development / neuron development / spleen development / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / thymus development / transcription coregulator binding / animal organ morphogenesis / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / brain development / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / G2/M transition of mitotic cell cycle / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Hox-A1/B1/D1 / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox protein Hox-A1/B1/D1 / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Hox-B1 / Pre-B-cell leukemia transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Piper, D.E. / Batchelor, A.H. / Chang, C.-P. / Cleary, M.L. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Structure of a HoxB1-Pbx1 heterodimer bound to DNA: role of the hexapeptide and a fourth homeodomain helix in complex formation.
著者: Piper, D.E. / Batchelor, A.H. / Chang, C.P. / Cleary, M.L. / Wolberger, C.
履歴
登録1999年1月27日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
A: PROTEIN (HOMEOBOX PROTEIN HOX-B1)
B: PROTEIN (PBX1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7834
ポリマ－33,7834
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.670, 64.580, 81.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*G)-3')


分子量: 6139.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 6126.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (HOMEOBOX PROTEIN HOX-B1)


分子量: 11443.128 Da / 分子数: 1 / Fragment: HEXAPEPTIDE, HOMEODOMAIN / Mutation: 1 RESIDUE (MET) ADDED TO N-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HOXB-1 / プラスミド: PET11-D T7 PROMOTER / 遺伝子 (発現宿主): HOXB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P14653
#4: タンパク質 PROTEIN (PBX1)


分子量: 10073.342 Da / 分子数: 1 / Fragment: HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBX1 / プラスミド: PET11-D T7 PROMOTER / 遺伝子 (発現宿主): PBX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P40424
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TRIS11
2PEG 100011
3CO(NH3)611
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: equal volume of protein and reservoir solution were used for the drop
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mMHEPES1drop
21 mMEDTA1drop
31 mMdithiothreitol1drop
40.001 %1dropNaN3
5100 mMTris-HCl1reservoir
65 mMcobaltic hexamine chloride1reservoir
712 %PEG10001reservoir
8protein-DNA comples1dropprotein was mixed with lyophilized DNA in a molar ration of 1:1:1.5 HoxB1:Pbx1:DNA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9795
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月15日 / 詳細: SPHERICAL RH COATED
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 13735 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.033
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.248

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.35→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 1033240 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1368 10.2 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 13418 99.7 %-
all-13418 --
原子変位パラメータBiso mean: 53.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.8 Å20 Å20 Å2
2--17.53 Å20 Å2
3---1.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 814 0 61 2010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 209 9.7 %
Rwork0.324 1955 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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