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- PDB-1b6u: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR (K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b6u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR (KIR2DL3) SPECIFIC FOR HLA-CW3 RELATED ALLELES
要素P58 KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR
キーワードKILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR / NATURAL KILLER CELL / HLA / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I (MHC CLASS I) / CELL SURFACE RECEPTOR / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating signaling pathway / antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / immune response / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Maenaka, K. / Juji, T. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the human p58 killer cell inhibitory receptor (KIR2DL3) specific for HLA-Cw3-related MHC class I.
著者: Maenaka, K. / Juji, T. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
履歴
登録1999年1月18日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P58 KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1891
ポリマ－28,1891
非ポリマー00
水00
1
A: P58 KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR

A: P58 KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3782
ポリマ－56,3782
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)95.400, 95.400, 130.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 P58 KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR / KIR2DL3


分子量: 28189.141 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: CLONING BY PCR / Cell: NATURAL KILLER CELL / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CELL SURFACE / 遺伝子: NKAT2 / プラスミド: PKMATHNK2
細胞内の位置 (発現宿主): MEDIA AND PERIPLASMIC SPACE
遺伝子 (発現宿主): NKAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: P43628
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING WEISSENBERG METHOD.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein solution is mixed in a 1:1 ratio with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
39-10 %PEG80001reservoir
450 mMHEPES1reservoir
58 %ethylene glycol1reservoir
60.5 %octyl-beta-glucoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 6281 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 18460
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.5精密化
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: REFINED BY X-PLOR, REFMAC AND CN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 354 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 5896 79.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-4.12 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 0 0 1541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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