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- PDB-1b6f: BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b6f
タイトルBIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1
要素PROTEIN (MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A)
キーワードPLANT PROTEIN / MAJOR BIRCH POLLEN ALLERGEN / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Betula pendula (シダレカンバ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Schweimer, K. / Sticht, H. / Boehm, M. / Roesch, P.
引用
ジャーナル: APPL.MAGN.RESON. / 年: 1999
タイトル: NMR Spectroscopy Reveals Common Structural Features of the Birch Pollen Allergen Bet v 1 and the cherry allergen Pru a 1
著者: Schweimer, K. / Sticht, H. / Boehm, M. / Roesch, P.
#1: ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Expression in Escherichia Coli, Purification, and Spectroscopic Characterization of Two Mutant Bet V 1 Proteins
著者: Boehm, M. / Roesch, P.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Secondary Structure and Tertiary Fold of the Birch Pollen Allergen Bet V 1 in Solution
著者: Faber, C. / Lindemann, A. / Sticht, H. / Ejchart, A. / Kungl, A. / Susani, M. / Frank, R.W. / Kraft, D. / Breitenbach, M. / Roesch, P.
履歴
登録1999年1月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4441
ポリマ－17,4441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 60LOWEST ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A)


分子量: 17443.557 Da / 分子数: 1 / 変異: M139L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 解説: SYNTHETIC GENE / Cell: POLLEN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P15494

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-COSY
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D-13C-NOESYHSQC
1813D-15N-NOESYHSQC
1913D-15N-TOCSYHSQC
11013D HNHA
11112D-NOESY(D2O)
11212D-TOCSY(D2O)
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING MULTIDIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED BET V 1.

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試料調製

試料状態イオン強度: 10 mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
NDEE構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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