PDB-1b4q: Solution structure of human thioltransferase complex with glutathione

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b4q

タイトル

Solution structure of human thioltransferase complex with glutathione

要素

PROTEIN (HUMAN THIOLTRANSFERASE)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HUMAN THIOLTRANSFERASE / DISULFIDE INTERMEDIATE / GLUTATHIONE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of membrane potential / glutathione disulfide oxidoreductase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / sodium channel regulator activity / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Yang, Y. / Jao, S.C. / Nanduri, S. / Starke, D.W. / Mieyal, J.J. / Qin, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Reactivity of the human thioltransferase (glutaredoxin) C7S, C25S, C78S, C82S mutant and NMR solution structure of its glutathionyl mixed disulfide intermediate reflect catalytic specificity.
著者: Yang, Y. / Jao, S. / Nanduri, S. / Starke, D.W. / Mieyal, J.J. / Qin, J.

履歴

登録	1998年12月25日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b4q.cif.gz	735.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b4q.ent.gz	632.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4q	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5y4u-d 5hp7-d 1uvy-d 1jhb-d 6d1r-d 2ro5-d 1vkr-d 2j71-d 3mus-1 1dlw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN (HUMAN THIOLTRANSFERASE)

ヘテロ分子

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 95
代表モデル

#1: タンパク質	PROTEIN (HUMAN THIOLTRANSFERASE) 分子量: 11592.254 Da / 分子数: 1 / 変異: C7S, C25S, C78S, C82S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH GLUTATHIONE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35754
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D-NCNOESY
1	2	1	HN(CA)CB
1	3	1	CBCA(CO)NH
1	4	1	CCC-TOCSY
1	5	1	(H)CCH-TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED HUMAN THIOLTRANSFERASE MUTANT (C7S,C25S,C78S,C82S). THE STRUCTURE CALCULATION IS BASED ON A TOTAL OF ...

-
試料調製

試料状態	pH: 6 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian VARIAN INOVA 500 / 製造業者: Varian / モデル: VARIAN INOVA 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.2	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 95 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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