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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b49 | ||||||
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タイトル | DCMP HYDROXYMETHYLASE FROM T4 (PHOSPHATE-BOUND) | ||||||
![]() | PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HYDROXYMETHYLASE / DNTP SYNTHESIZING COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Song, H.K. / Sohn, S.H. / Suh, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of deoxycytidylate hydroxymethylase from bacteriophage T4, a component of the deoxyribonucleoside triphosphate-synthesizing complex. 著者: Song, H.K. / Sohn, S.H. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.636629, 0.000147, 0.77117), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28523.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P08773, deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Song, S.H., (1999) Acta Crystallogr. D55, 1061. / pH: 8.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 25579 / % possible obs: 91.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 3 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO |