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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b3d | ||||||
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タイトル | STROMELYSIN-1 | ||||||
![]() | STROMELYSIN-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / STROMELYSIN / MATRIX METALLOPROTEINASE / OSTEOARTHRITIS / PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cellular response to nitric oxide ...stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cellular response to nitric oxide / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cell migration / EGFR Transactivation by Gastrin / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / cellular response to amino acid stimulus / protein catabolic process / positive regulation of protein-containing complex assembly / metalloendopeptidase activity / cellular response to reactive oxygen species / metallopeptidase activity / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chen, L. / Rydel, T.J. / Dunaway, C.M. / Pikul, S. / Dunham, K.M. / Gu, F. / Barnett, B.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the stromelysin catalytic domain at 2.0 A resolution: inhibitor-induced conformational changes. 著者: Chen, L. / Rydel, T.J. / Gu, F. / Dunaway, C.M. / Pikul, S. / Dunham, K.M. / Barnett, B.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19416.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: STROMELYSIN-1 COMPLEX WITH HYDROXAMATE-PHOSPHINAMIDE INHIBITOR 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-S27 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: 20-24% PEG 8000, 2.5% 2-PROPANOL, 10 MM CACL2 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH 7.5-8.5, pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 8.5 / PH range high: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 日付: 1995年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 13990 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |