+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b2w | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | COMPARISON OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF A HUMANIZED AND A CHIMERIC FAB OF AN ANTI-GAMMA-INTERFERON ANTIBODY | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY ENGINEERING / HUMANIZED AND CHIMERIC ANTIBODY / FAB / THREE-DIMENSIONAL STRYCTURE / GAMMA-INTERFERON | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan, Z. / Shan, L. / Goldsteen, B.Z. / Guddat, L.W. / Thakur, A. / Landolfi, N.F. / Co, M.S. / Vasquez, M. / Queen, C. / Ramsland, P.A. / Edmundson, A.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Recog. / 年: 1999 タイトル: Comparison of the three-dimensional structures of a humanized and a chimeric Fab of an anti-gamma-interferon antibody. 著者: Fan, Z.C. / Shan, L. / Goldsteen, B.Z. / Guddat, L.W. / Thakur, A. / Landolfi, N.F. / Co, M.S. / Vasquez, M. / Queen, C. / Ramsland, P.A. / Edmundson, A.B. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b2w.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1b2w.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b2w_validation.pdf.gz | 376.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1b2w_full_validation.pdf.gz | 394.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b2w_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b2w_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/1b2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/1b2w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23430.879 Da / 分子数: 1 / 断片: V DOMAIN AND C DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 23800.799 Da / 分子数: 1 / 断片: V DOMAIN AND C DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.2 詳細: 6.6% PEG 8000(W/V), IN 0.05 M NACL AND 0.05% SODIUM AZIDE., pH 6.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18-20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 286 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→20 Å / Num. obs: 11491 / % possible obs: 81.7 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.96 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 0.28 |
反射 | *PLUS % possible obs: 67.2 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DFB 解像度: 2.9→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|