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- PDB-1b2i: KRINGLE 2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN: NMR SOLUTION STRUCTURE OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b2i
タイトルKRINGLE 2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN: NMR SOLUTION STRUCTURE OF TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID (AMCHA) COMPLEX
要素PROTEIN (PLASMINOGEN)
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / FIBRINOLYSIS / LYSINE-BINDING DOMAIN / PLASMINOGEN / KRINGLE 2
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / blood microparticle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle ...Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / Plasminogen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, DYNAMIC SIMULATED ANNEALING
データ登録者Marti, D.N. / Schaller, J. / Llinas, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure and dynamics of the plasminogen kringle 2-AMCHA complex: 3(1)-helix in homologous domains.
著者: Marti, D.N. / Schaller, J. / Llinas, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Ligand Preferences of Kringle 2 and Homologous Domains of Human Plasminogen: Canvassing Weak, Intermediate and High-Affinity Binding Sites by 1H-NMR
著者: Marti, D.N. / Hu, C.K. / An, S.S.A. / Von Haller, P. / Schaller, J. / Llinas, M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Recombinant Gene Expression and 1H NMR Characteristics of the Kringle (2+3) Supermodule: Spectroscopic/Functional Individuality of Plasminogen Kringle Domains
著者: Soehndel, S. / Hu, C.K. / Marti, D. / Affolter, M. / Schaller, J. / Llinas, M. / Rickli, E.E.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Expression, Purification and Characterization of the Recombinant Kringle 2 and Kringle 3 Domains of Human Plasminogen and Analysis of Their Binding Affinity for Omega-Aminocarboxylic Acids
著者: Marti, D. / Schaller, J. / Ochensberger, B. / Rickli, E.E.
履歴
登録1999年9月24日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PLASMINOGEN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8092
ポリマ－9,6521
非ポリマー1571
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150TOTAL ENERGY, RAMACHANDRAN PLOT, LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PLASMINOGEN)


分子量: 9651.812 Da / 分子数: 1 / 断片: KRINGLE 2 DOMAIN / 変異: C181T, E182S, C188G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PQE-8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00747, plasmin
#2: 化合物 ChemComp-AMH / TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / トラネキサム酸


分子量: 157.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO2 / コメント: 薬剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121NOESY
131TOCSY
1413D-NOESY HSQC
1513D-TOCSY HSQC
161HNCA
171HN(CO)CA
181HCC(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: SEE PAPER / pH: 5.1 / 圧: AMBIENT / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX500BrukerDRX5005001
Bruker DRX600BrukerDRX6006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CHARMM23.2BROOKS ET AL., J. COMPUT. CHEM. 4, 187-217 (1983)精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, DYNAMIC SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY, RAMACHANDRAN PLOT, LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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