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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b20 | ||||||
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タイトル | DELETION OF A BURIED SALT-BRIDGE IN BARNASE | ||||||
![]() | PROTEIN (BARNASE) | ||||||
![]() | HYDROLASE / MICROBIAL RIBONUCLEASE / ALPHA/BETA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vaughan, C.K. / Harryson, P. / Buckle, A.M. / Oliveberg, M. / Fersht, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural double-mutant cycle: estimating the strength of a buried salt bridge in barnase. 著者: Vaughan, C.K. / Harryson, P. / Buckle, A.M. / Fersht, A.R. #1: ![]() タイトル: Molecular Structure of a New Family of Ribonucleases 著者: Mauguen, Y. / Hartley, R.W. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Bricogne, G. / Chothia, C. / Jack, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12328.604 Da / 分子数: 3 / 変異: R69S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PMT410 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 % 解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY RIGID BODY REFINEMENT USING WILD-TYPE BARNASE AS A STARTING MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: DROP: 8-12 MG/ML PROTEIN 6 MM ZNSO4 0.6 M (NH4)2SO4 WELL: 2.58-2.73 M AMMONIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.5 1-2 MM ZNSO4 0.15-0.30 M (NH4)2SO4 5-10 MM NH4OH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→31.47 Å / Num. obs: 31946 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.42 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.76 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 5.52 / % possible all: 86.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.4 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 5.97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.7→27.1 Å / SU B: 2.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.1 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |