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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b1y | |||||||||
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タイトル | SEVENFOLD MUTANT OF BARLEY BETA-AMYLASE | |||||||||
要素 | PROTEIN (BETA-AMYLASE) | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-amylase / beta-amylase activity / amylopectin maltohydrolase activity / polysaccharide catabolic process / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hordeum vulgare (オオムギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Mikami, B. / Yoon, H.J. / Yoshigi, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: The crystal structure of the sevenfold mutant of barley beta-amylase with increased thermostability at 2.5 A resolution. 著者: Mikami, B. / Yoon, H.J. / Yoshigi, N. #1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1995 タイトル: Construction of a Plasmid Used for the Expression of a Sevenfold-Mutant Barley Beta-Amylase with Increased Thermostability in Escherichia Coli and Properties of the Sevenfold-Mutant Beta-Amylase 著者: Yoshigi, N. / Okada, Y. / Maeba, H. / Sahara, H. / Tamaki, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b1y.cif.gz | 116.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b1y.ent.gz | 88.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b1y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1btcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56317.328 Da / 分子数: 1 / 変異: M185L,S295A,I297V,S350P,S351P,Q352D,A376S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / Variant: CV. HARUNA / プラスミド: PB927 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM 109 / 参照: UniProt: P16098, beta-amylase |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose |
#3: 糖 | ChemComp-BGC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | REF.2 AND REF.3 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: HUNGING DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST 0.1 M PIPES PH 7.1, 0.1 M MGAC2 AND 14% PEG 6000 WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 3 MG/ML., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: CARBON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 22631 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.086 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 122221 / Rmerge(I) obs: 0.086 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BTC 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.14 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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