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万見
- PDB-1b1g: SOLVATED REFINEMENT OF CA-LOADED CALBINDIN D9K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b1g
タイトルSOLVATED REFINEMENT OF CA-LOADED CALBINDIN D9K
要素PROTEIN (CALBINDIN D9K)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MD WITH EXPLICIT SOLVENT
データ登録者Kordel, J. / Pearlman, D.A. / Chazin, W.J.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Protein solution structure calculations in solution: solvated molecular dynamics refinement of calbindin D9k.
著者: Kordel, J. / Pearlman, D.A. / Chazin, W.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: High-Resolution Solution Structure of Calcium-Loaded Calbindin D9k
著者: Kordel, J. / Skelton, N.J. / Akke, M. / Chazin, W.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: The Rate and Structural Consequences of Proline Cis-Trans Isomerization in Calbindin D9k: NMR Studies of the Minor (Cis-Pro43) Isoform and the Pro43Gly Mutant
著者: Kordel, J. / Forsen, S. / Drakenberg, T. / Chazin, W.J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: 1H NMR Sequential Resonance Assignments, Secondary Structure, and Global Fold in Solution of the Major (Trans-Pro43) Form of Bovine Calbindin D9k
著者: Kordel, J. / Forsen, S. / Chazin, W.J.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: The Refined Structure of Vitamin D-Dependent Calcium-Binding Protein from Bovine Intestine. Molecular Details, Ion Binding, and Implications for the Structure of Other Calcium-Binding Proteins
著者: Szebenyi, D.M.E. / Moffat, K.
履歴
登録1998年11月20日処理サイト: NDB
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Other
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CALBINDIN D9K)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5513
ポリマ－8,4701
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10ALL CONFORMERS USED
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CALBINDIN D9K) / INTESTINAL CALCIUM-BINDING PROTEIN


分子量: 8470.492 Da / 分子数: 1 / 変異: P43G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02633
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: AUTHOR USED THE NMR DATA FROM ENTRY 2BCB.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber4D.A.PEARLMAN,D.A.CASE,J.C.CALDWELL,G.L.SEIBEL,U.C.SINGH,P.WEINER AND P.A.KOLLMAN精密化
DISGEO, AMBER構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MD WITH EXPLICIT SOLVENT
ソフトェア番号: 1
詳細: PREVIOUSLY CALCULATED DISGEO STRUCTURES WERE PLACED IN A BATH OF WATER MOLECULES AND CALCIUM IONS WERE ADDED IN THE BINDING SITES. THE SYSTEM WAS ENERGY MINIMIZED TO REMOVE BAD CONTACTS, THEN ...詳細: PREVIOUSLY CALCULATED DISGEO STRUCTURES WERE PLACED IN A BATH OF WATER MOLECULES AND CALCIUM IONS WERE ADDED IN THE BINDING SITES. THE SYSTEM WAS ENERGY MINIMIZED TO REMOVE BAD CONTACTS, THEN ANNEALED AT 300 K. DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ALL CONFORMERS USED / 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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