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- PDB-1b13: CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM RUBREDOXIN G10A MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b13
タイトルCLOSTRIDIUM PASTEURIANUM RUBREDOXIN G10A MUTANT
要素PROTEIN (RUBREDOXIN)
キーワードELECTRON TRANSPORT / METALLOPROTEIN / IRON SULFUR / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Maher, M.J. / Guss, J.M. / Wilce, M.C.J. / Wedd, A.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Rubredoxin from Clostridium pasteurianum. Structures of G10A, G43A and G10VG43A mutant proteins. Mutation of conserved glycine 10 to valine causes the 9-10 peptide link to invert.
著者: Maher, M.J. / Xiao, Z. / Wilce, M.C. / Guss, J.M. / Wedd, A.G.
履歴
登録1998年11月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RUBREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1212
ポリマ－6,0661
非ポリマー561
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.270, 64.270, 32.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RUBREDOXIN)


分子量: 6065.637 Da / 分子数: 1 / 変異: G10A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
株: JM109 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CLORUB / プラスミド: PKK223-3 / 遺伝子 (発現宿主): CLORUB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化pH: 4.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 50-60% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN SODIUM ACETATE BUFFER (50 MM) AT PH 4.6.
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
150-60% SATURATED AMMONIUM SULFATE12
2SODIUM ACETATE BUFFER (50 MM) AT PH 4.6.12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-20 mg/mlprotein1drop
22-35 %ammonium sulfate1drop
350 mMsodium acetate1drop
450-70 %ammonium sulfate1reservoir
550 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RU200 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER 0.00015" / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 6061 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 58.8
反射
*PLUS
Num. obs: 7662 / Num. measured all: 29561
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: 5RXN

5rxn


解像度: 1.5→30 Å / σ(F): 0 / 詳細: ESD FROM CRUIKSHANK (A): 0.08
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 383 0.05 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs-7662 94.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数423 0 1 40 464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0180.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0210.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.4763
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.3775
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.1476
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.7648
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.170.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2450.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor14.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Rfactor obs: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.432 / Rfactor obs: 0.389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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