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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b0j | ||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH ISOCITRATE | ||||||||||||
要素 | ACONITATE HYDRATASE | ||||||||||||
キーワード | LYASE / COMPLEX / TRANSIT PEPTIDE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / tricarboxylic acid cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lloyd, S.J. / Lauble, H. / Prasad, G.S. / Stout, C.D. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: The mechanism of aconitase: 1.8 A resolution crystal structure of the S642a:citrate complex 著者: Lloyd, S.J. / Lauble, H. / Prasad, G.S. / Stout, C.D. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b0j.cif.gz | 165.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b0j.ent.gz | 128.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82790.078 Da / 分子数: 1 / 変異: S642A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PUC118 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P16276, aconitate hydratase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-ICT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 26 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 29472 / Num. obs: 29472 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 79.4 |
反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FGH 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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