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万見
- PDB-1b07: CRK SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH PEPTOID INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b07
タイトルCRK SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH PEPTOID INHIBITOR
要素
  • PROTEIN (PROTO-ONCOGENE CRK (CRK))
  • PROTEIN (SH3 PEPTOID INHIBITOR)
キーワードSH3 DOMAIN / INHIBITORS / PEPTOIDS / PROTEIN-PROTEIN RECOGNITION / PROLINE-RICH MOTIFS / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-related events triggered by IGF1R ...Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-related events triggered by IGF1R / SOS-mediated signalling / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / MET activates RAS signaling / Signaling by LTK / FRS-mediated FGFR1 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / Tie2 Signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Interleukin-15 signaling / FLT3 Signaling / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ARMS-mediated activation / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / response to hepatocyte growth factor / NCAM signaling for neurite out-growth / Regulation of KIT signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / Downstream signal transduction / FCERI mediated MAPK activation / Insulin receptor signalling cascade / regulation of leukocyte migration / postsynaptic specialization assembly / NRAGE signals death through JNK / Signal attenuation / lymphocyte homeostasis / Signaling by SCF-KIT / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / RAC1 GTPase cycle / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of dendrite development / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / Interleukin receptor SHC signaling / response to peptide / G alpha (12/13) signalling events / FCERI mediated Ca+2 mobilization / RAF/MAP kinase cascade / midbrain morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / regulation of pro-B cell differentiation / response to yeast / Regulation of signaling by CBL / vitellogenesis / negative regulation of wound healing / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / RET signaling / reelin-mediated signaling pathway / negative regulation of cell motility / heart trabecula morphogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of Ras protein signal transduction / protein localization to membrane / DAP12 signaling / blood vessel morphogenesis / epidermal growth factor receptor binding / regulation of GTPase activity / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of smooth muscle cell migration / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / establishment of cell polarity / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / regulation of cell adhesion mediated by integrin / dendrite development / positive regulation of Rac protein signal transduction / roof of mouth development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / ephrin receptor signaling pathway / hair follicle development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Schwann cell development / heart morphogenesis / cytoskeletal protein binding
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH3 Domains / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLETHANE / Son of sevenless homolog 1 / Adapter molecule crk
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nguyen, J.T. / Turck, C.W. / Cohen, F.E. / Zuckermann, R.N. / Lim, W.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Exploiting the basis of proline recognition by SH3 and WW domains: design of N-substituted inhibitors.
著者: Nguyen, J.T. / Turck, C.W. / Cohen, F.E. / Zuckermann, R.N. / Lim, W.A.
履歴
登録1998年11月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年12月25日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PROTO-ONCOGENE CRK (CRK))
C: PROTEIN (SH3 PEPTOID INHIBITOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3193
ポリマ－9,2132
非ポリマー1061
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.800, 36.800, 52.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PROTO-ONCOGENE CRK (CRK)) / P38 / ADAPTER MOLECULE CRK


分子量: 7787.548 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: Q64010
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (SH3 PEPTOID INHIBITOR)


分子量: 1425.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: Q62245*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PYJ / PHENYLETHANE / エチルベンゼン


分子量: 106.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化pH: 6
詳細: 29% PEG4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, PH 6.0, pH 6.00
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
129 %PEG400011
20.2 Mammonium acetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 15685 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.062
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.075 / % possible all: 81.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CKB

1ckb


解像度: 2.5→30 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 229 10.1 %
Rwork0.242 --
obs0.242 2277 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数561 0 8 46 615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 30 9.8 %
Rwork0.317 276 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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