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- PDB-1azx: ANTITHROMBIN/PENTASACCHARIDE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1azx
タイトルANTITHROMBIN/PENTASACCHARIDE COMPLEX
要素ANTITHROMBIN
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR / SERPIN / ANTITHROMBIN / ANTICOAGULANT ACTIVATION BY HEPARIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
heparin pentasaccharide / Antithrombin-III
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jin, L. / Abrahams, J.P. / Skinner, R. / Petitou, M. / Pike, R.N. / Carrell, R.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The anticoagulant activation of antithrombin by heparin.
著者: Jin, L. / Abrahams, J.P. / Skinner, R. / Petitou, M. / Pike, R.N. / Carrell, R.W.
履歴
登録1997年11月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: ANTITHROMBIN
L: ANTITHROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1887
ポリマ－98,2022
非ポリマー3,9865
水00
1
L: ANTITHROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2054
ポリマ－49,1011
非ポリマー2,1043
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
I: ANTITHROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9843
ポリマ－49,1011
非ポリマー1,8832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.440, 86.970, 97.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ANTITHROMBIN


分子量: 49101.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PENTASACCHARIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLASMA / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P01008
#2: 多糖 3,4-di-O-methyl-2,6-di-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2,3-di-O-methyl-beta-D-glucopyranuronic ...3,4-di-O-methyl-2,6-di-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2,3-di-O-methyl-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2,3,6-tri-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-3-O-methyl-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-methyl 2,3,6-tri-O-sulfo-alpha-D-glucopyranoside / heparin pentasaccharide


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗凝固薬 / 分子量: 1661.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: heparin pentasaccharide
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1a_1-5_1*OC_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OC][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5_2*OC_3*OC][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OC_4*OC_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Glcp2SO33SO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO33Me]{[(4+1)][a-D-Glcp2SO33SO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA2Me3Me]{[(4+1)][a-D-Glcp2SO33Me4Me6SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
構成要素の詳細HUMAN ANTITHROMBIN IS A PLASMA GLYCOPROTEIN, WITH 432 AMINO ACID RESIDUES AND FOUR GLYCOSYLATION ...HUMAN ANTITHROMBIN IS A PLASMA GLYCOPROTEIN, WITH 432 AMINO ACID RESIDUES AND FOUR GLYCOSYLATION SITES: ASN 96, ASN 135, ASN 155 AND ASN 192. THERE ARE TWO ANTITHROMBIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT: I AND L, BOTH ARE COMPLEXED BY THE HEPARIN PENTASACCHARIDE. FOR I MOLECULE, RESIDUES 1, 26-38, AND 432 WERE NOT BUILT BECAUSE OF POOR ELECTRON DENSITY MAPS. FOR L MOLECULE, RESIDUES 1-4, 26-38 AND 432 WERE NOT BUILT. THREE NAG MOLECULES, ATTACHED TO ASN 155 OF I MOLECULE, AND ASN 155 AND ASN 192 OF L MOLECULE, RESPECTIVELY, WERE BUILT INTO CLEAR DENSITY.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 18-20 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlanithrombin11
212.2 mg/mlL-anithrombin11
34 mg/mlpentasaccharide11
430 %(w/v)PEG400011
50.05 %11NaN3
60.1 Msodium cacodylate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 60010 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 5.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
TNT5D精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 851 4 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.203 24096 94.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6639 0 242 0 6881
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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