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- PDB-5hxd: Crystal structure of murein-tripeptide amidase MpaA from Escheric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hxd
タイトルCrystal structure of murein-tripeptide amidase MpaA from Escherichia coli O157
要素Protein MpaA
キーワードHYDROLASE / escherichia coli O157 / MpaA / murein-tripeptide amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


murein tripeptide carboxypeptidase activity / amidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Murein peptide amidase A / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Murein peptide amidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ma, Y. / Bai, G. / Zhang, X. / Zhao, J. / Yuan, Z. / Kang, X. / Li, Z. / Mu, S. / Liu, X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Funds of China31300056 中国
the Natural Science Foundation of HeBei ProvinceC2014201039 中国
Foundation of Hebei Educational committeeYQ2014007 中国
Natural Science Foundation of Hebei University2011-220 中国
引用ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of Murein-Tripeptide Amidase MpaA from Escherichia coli O157 at 2.6 angstrom Resolution
著者: Ma, Y. / Bai, G. / Cui, Y. / Zhao, J. / Yuan, Z. / Liu, X.
履歴
登録2016年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein MpaA
B: Protein MpaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5276
ポリマ－52,1232
非ポリマー4054
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.893, 59.893, 129.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Protein MpaA / murein-tripeptide amidase MpaA


分子量: 26061.346 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: mpaA, Z2448, ECs1905 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0ACV7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Zinc acetate, 0.1 M Sodium cacodylate, 18% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→33.24 Å / Num. obs: 15959 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 21.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AXV

4axv


解像度: 2.6→33.236 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 27.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 1519 9.92 %
Rwork0.172 --
obs0.1787 15305 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3651 0 12 37 3700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3025146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6331350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5999-2.68380.32721230.22461116X-RAY DIFFRACTION89
2.6838-2.77970.34941260.23321199X-RAY DIFFRACTION91
2.7797-2.89090.34151370.21361200X-RAY DIFFRACTION91
2.8909-3.02240.28251350.22151232X-RAY DIFFRACTION94
3.0224-3.18160.2891410.20351252X-RAY DIFFRACTION95
3.1816-3.38080.27711460.19951251X-RAY DIFFRACTION97
3.3808-3.64150.23441430.17061281X-RAY DIFFRACTION98
3.6415-4.00740.22741340.16461341X-RAY DIFFRACTION99
4.0074-4.5860.21091430.14361296X-RAY DIFFRACTION99
4.586-5.77290.21821500.15351292X-RAY DIFFRACTION100
5.7729-33.23820.19121410.15071326X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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