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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ayj | |||||||||
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タイトル | DETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF RAPHANUS SATIVUS ANTIFUNGAL PROTEIN 1 (RS-AFP1) BY 1H NMR, 20 STRUCTURES | |||||||||
要素 | ANTIFUNGAL PROTEIN 1抗真菌薬 | |||||||||
キーワード | FUNGICIDE (殺菌剤 (農薬その他)) / PLANT DEFENSIN / CYSTEINE-STABILIZED ALFA/BETA MOTIF | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Raphanus sativus var. niger (アカマルハツカダイコン) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / DIANA, SIMULATED ANNEALING | |||||||||
データ登録者 | Fant, F. / Borremans, F.A.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Determination of the three-dimensional solution structure of Raphanus sativus antifungal protein 1 by 1H NMR. 著者: Fant, F. / Vranken, W. / Broekaert, W. / Borremans, F. #1: ジャーナル: Bull.Soc.Chim.Belg. / 年: 1997 タイトル: Solution Conformation of Raphanus Sativus Antifungal Protein 1 (Rs-Afp1) by 1H Nuclear Magnetic Resonance. Resonance Assignments, Secondary Structure and Global Fold 著者: Fant, F. / Vranken, W.F. / Martins, J.C. / Borremans, F.A.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ayj.cif.gz | 299.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ayj.ent.gz | 259.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ayj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ayj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ayj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5685.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Raphanus sativus var. niger (アカマルハツカダイコン) 器官: SEED種子 / 生物種: Raphanus sativus / 株: var. niger / 参照: UniProt: P30231, UniProt: P69241*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
試料状態 | pH: 4.2 / 温度: 305 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AM500 / 製造業者: Bruker / モデル: AM500 / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
ソフトウェア | 名称: AMBER / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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NMR software |
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精密化 | 手法: DIANA, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 詳細: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL ADOPTED NILGES ET AL. 1988, FEBS LETTERS, VOL. 239, PP129-136. INSIGHT II ALSO WAS USED. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND ENERGY 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |