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万見
- PDB-1ay7: RIBONUCLEASE SA COMPLEX WITH BARSTAR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ay7
タイトルRIBONUCLEASE SA COMPLEX WITH BARSTAR
要素
  • BARSTAR
  • GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
キーワードCOMPLEX (ENZYME/INHIBITOR) / RIBONUCLEASE / INHIBITOR / STREPTOMYCES AUREOFACIENS / COMPLEX (ENZYME-INHIBITOR) / COMPLEX (ENZYME-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, ...Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease Sa / Barstar
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Recognition of RNase Sa by the inhibitor barstar: structure of the complex at 1.7 A resolution.
著者: Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
履歴
登録1997年11月14日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
B: BARSTAR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8042
ポリマ－20,8042
非ポリマー00
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.950, 56.950, 135.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA


分子量: 10582.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
プラスミド: PMT1126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3
#2: タンパク質 BARSTAR


分子量: 10221.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BARNASE INHIBITOR
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
プラスミド: PMT1126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P11540
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.1 Mcacodylate1drop
315 %ammonium sulfate1drop
430 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 27413 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. all: 27413 / Num. obs: 22844 / Num. measured all: 118438

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BRS

1brs


解像度: 1.7→25 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
詳細: ESTIMATED COORDINATE ERROR. ESD FROM CRUICKSHANK (A) : 0.078 ESD FROM SIGMAA (A) : 0.061
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2739 10 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.162 27352 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.8 Å23.5 Å20 Å2
2--23.8 Å20 Å2
3---21.8 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 190 1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0250.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0890.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.93
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.25
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.56
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.48
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0350.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2570.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2640.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1430.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1430.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor12.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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