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- PDB-1ax3: SOLUTION NMR STRUCTURE OF B. SUBTILIS IIAGLC, 16 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ax3
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF B. SUBTILIS IIAGLC, 16 STRUCTURES
要素GLUCOSE PERMEASE IIA DOMAIN
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / SUGAR TRANSPORT / TRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-D-glucose phosphotransferase / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, maltose/glucose-specific subfamily IIC component / PTS system glucose-specific IIBC component / : / Phosphotransferase system, IIB component, type 1 / Phosphotransferase system, EIIC component, type 1 / Phosphotransferase system EIIB, cysteine phosphorylation site / Glucose permease domain IIB / phosphotransferase system, EIIB / PTS EIIB domains cysteine phosphorylation site signature. / PTS_EIIB type-1 domain profile. ...Phosphotransferase system, maltose/glucose-specific subfamily IIC component / PTS system glucose-specific IIBC component / : / Phosphotransferase system, IIB component, type 1 / Phosphotransferase system, EIIC component, type 1 / Phosphotransferase system EIIB, cysteine phosphorylation site / Glucose permease domain IIB / phosphotransferase system, EIIB / PTS EIIB domains cysteine phosphorylation site signature. / PTS_EIIB type-1 domain profile. / PTS_EIIC type-1 domain profile. / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIC / Phosphotransferase system, EIIC / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system glucose-specific EIICBA component
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Chen, Y. / Case, D.A. / Reizer, J. / Saier Junior, M.H. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1998
タイトル: High-resolution solution structure of Bacillus subtilis IIAglc.
著者: Chen, Y. / Case, D.A. / Reizer, J. / Saier Jr., M.H. / Wright, P.E.
履歴
登録1997年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE PERMEASE IIA DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3971
ポリマ－17,3971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST AMBER ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GLUCOSE PERMEASE IIA DOMAIN / IIAGLC


分子量: 17396.787 Da / 分子数: 1 / 断片: A DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PRE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MZ1
参照: UniProt: P20166, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
141HMQC-J

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試料調製

試料状態pH: 6.87 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker AMX600BrukerAMX6006002

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
AmberPEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
DISGEO構造決定
Amber構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PAPER.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST AMBER ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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