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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1awp | ||||||
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タイトル | RAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE CYTOCHROME B5 | ||||||
要素 | CYTOCHROME B5 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sphingolipid de novo biosynthesis / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) activity / enzyme activator activity / nitric oxide biosynthetic process / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Zhang, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: The reduction potential of cytochrome b5 is modulated by its exposed heme edge. 著者: Rivera, M. / Seetharaman, R. / Girdhar, D. / Wirtz, M. / Zhang, X. / Wang, X. / White, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1awp.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1awp.ent.gz | 37.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1awp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1awp_validation.pdf.gz | 523 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1awp_full_validation.pdf.gz | 528.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1awp_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1awp_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1awp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1awp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1b5mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.54813, 0.5997, 0.58302), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10419.405 Da / 分子数: 2 / 断片: WATER SOLUBLE DOMAIN / 変異: V45L, V61L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: HEPATOCYTE / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE / 遺伝子: POTENTIAL / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRION / プラスミド: PET 11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASMIC SPACE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04166 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. obs: 16374 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 32.42 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.18 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 92.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.7 % / Rmerge(I) obs: 0.274 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1B5M 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: NCS RESTRAINTS WERE USED IN INITIAL STEP OF REFINEMENT. BULK SOLVENT MODELING METHOD WAS USED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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