PDB-1aw1: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS COMPLEXED WITH 2-PHOS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1aw1

タイトル

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS COMPLEXED WITH 2-PHOSPHOGLYCOLATE

要素

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / PSYCHROPHILIC / VIBRIO MARINUS

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Maes, D. / Zeelen, J.P. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Triose-phosphate isomerase (TIM) of the psychrophilic bacterium Vibrio marinus. Kinetic and structural properties.
著者: Alvarez, M. / Zeelen, J.P. / Mainfroid, V. / Rentier-Delrue, F. / Martial, J.A. / Wyns, L. / Wierenga, R.K. / Maes, D.

履歴

登録	1997年10月9日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月2日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1aw1.cif.gz	367.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1aw1.ent.gz	304.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1aw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1aw1_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1aw1_full_validation.pdf.gz	518.9 KB	表示
XML形式データ	1aw1_validation.xml.gz	74 KB	表示
CIF形式データ	1aw1_validation.cif.gz	100.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1aw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1aw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aw2C 1treS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aw2-4 1aw2-2 1aw2-1 4ff7-d 4mkn-1 6upf-d 1i45-d 6up5-d 6c2g-2 5cg7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

D: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

E: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

G: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

H: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

J: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

K: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

215 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

E: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 2 ポリマー
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3

G: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

H: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 2 ポリマー
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4

J: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

K: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.508, 138.076, 89.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.006, 0.013, 1), (0.009, 1, -0.013), (-1, 0.009, 0.005)	-0.88909, 34.70283, 88.44016
2	given	(1, -0.009, 0.012), (-0.009, -1, 0.013), (0.012, -0.013, -1)	-0.472, 102.19006, 88.85377
3	given	(-0.017, 1), (-1), (1, 0.017)	-0.00501, 67.85617, 0.00322

#1: タンパク質	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE 分子量: 26766.199 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH 2-PHOSPHOGLYCOLATE / 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50921, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸分子量: 156.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₅O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %

結晶化

pH: 7.5
詳細: 100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 2.OM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 20MM PGA PH 7.5

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	triethanolamine-HCl	1	reservoir
3	25 mM		1	reservoir	NaCl
4	1 mM	dithiothreitol	1	reservoir
5	1 mM	EDTA	1	reservoir
6	1 mM		1	reservoir	NaN3
7	100 mM	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 59692 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 98.2
反射	PLUS Num. measured all*: 332463
反射シェル	PLUS % possible obs*: 98.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
X-PLOR	3.8	精密化
DENZO		データ削減
CCP4		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TRE

1tre

解像度: 2.7→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	-	5 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.192	59609	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3733	0	18	77	3828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.7
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	24.5
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

Refine LS restraints NCS

NCS model details: CONSTRAINTS

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.82 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	-	4.7 %
R_work	0.25	6801	-
obs	-	-	98 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PARHCSDX.PRO	TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION	2	PARAM19.SOL	TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION	3	PGA.PAR	PGA.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	24.5
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor obs: 0.25

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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