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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aum | ||||||
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タイトル | HIV CAPSID C-TERMINAL DOMAIN (CAC146) | ||||||
要素 | HIV CAPSID | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / CORE PROTEIN / HIV / CAPSID / C-TERMINAL DOMAIN / CAC146 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Hill, C.P. / Gamble, T.R. / Yoo, S. / Vajdos, F.F. / Von Schwedler, U.K. / Worthylake, D.K. / Wang, H. / Mccutcheon, J.P. / Sundquist, W.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: Structure of the carboxyl-terminal dimerization domain of the HIV-1 capsid protein. 著者: Gamble, T.R. / Yoo, S. / Vajdos, F.F. / von Schwedler, U.K. / Worthylake, D.K. / Wang, H. / McCutcheon, J.P. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aum.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aum.ent.gz | 18.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aum_validation.pdf.gz | 406.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aum_full_validation.pdf.gz | 410.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1aum_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aum_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/1aum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/1aum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7970.099 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 146 - 231 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 細胞株: BL21 / プラスミド: WISP97-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P12497 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: CRYSTALS OF CAC(146-231) WERE GROWN AT 4C IN 8 MICROLITER SITTING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN SOLUTION (2.1 MM CA(151-231) IN 10 MM TRIS (PH 8.0) AND 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND ...詳細: CRYSTALS OF CAC(146-231) WERE GROWN AT 4C IN 8 MICROLITER SITTING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN SOLUTION (2.1 MM CA(151-231) IN 10 MM TRIS (PH 8.0) AND 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND RESERVOIR SOLUTION (2.0 M AMMONIUM SULFATE), vapor diffusion - sitting drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1997年7月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 2681 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.368 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: C-TERMINAL CAPSID (151 - 231) 解像度: 3→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.44 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |