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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aug | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE PYROGLUTAMYL PEPTIDASE I FROM BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS | ||||||
![]() | PYROGLUTAMYL PEPTIDASE-1 | ||||||
![]() | THIOL PROTEASE / PYROGLUTAMYL PEPTIDASE / CYSTEINE PROTEINASE / BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Odagaki, Y. / Hayashi, A. / Okada, K. / Hirotsu, K. / Kabashima, T. / Ito, K. / Yoshimoto, T. / Tsuru, D. / Sato, M. / Clardy, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of pyroglutamyl peptidase I from Bacillus amyloliquefaciens reveals a new structure for a cysteine protease. 著者: Odagaki, Y. / Hayashi, A. / Okada, K. / Hirotsu, K. / Kabashima, T. / Ito, K. / Yoshimoto, T. / Tsuru, D. / Sato, M. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23315.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PBPG 1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 50037 / % possible obs: 76.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.43 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.02 Å / 冗長度: 1.13 % / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 15.1 |
反射 | *PLUS % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 83443 / Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.2685 |