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- PDB-1ath: THE INTACT AND CLEAVED HUMAN ANTITHROMBIN III COMPLEX AS A MODEL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ath
タイトルTHE INTACT AND CLEAVED HUMAN ANTITHROMBIN III COMPLEX AS A MODEL FOR SERPIN-PROTEINASE INTERACTIONS
要素ANTITHROMBIN III
キーワードHUMAN ANTITHROMBIN-III
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: The intact and cleaved human antithrombin III complex as a model for serpin-proteinase interactions.
著者: Schreuder, H.A. / de Boer, B. / Dijkema, R. / Mulders, J. / Theunissen, H.J. / Grootenhuis, P.D. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Human Antithrombin III
著者: Schreuder, H.A. / De Boer, B. / Pronk, S. / Hol, W.G.J. / Dijkema, R. / Mulders, J. / Theunissen, H.J.M.
履歴
登録1993年12月14日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET SHEETS A AND A2 ARE PARTIALLY OPENED (SEE NATURE STRUCTURAL BIOLOGY PAPER). ONLY TWO RESIDUES ...SHEET SHEETS A AND A2 ARE PARTIALLY OPENED (SEE NATURE STRUCTURAL BIOLOGY PAPER). ONLY TWO RESIDUES OF STRAND 4A (THE REACTIVE SITE LOOP) ARE INSERTED IN SHEETS A AND A2. STRANDS 3A AND 5A MAKE DIRECT PARALLEL CONTACTS AT THE OTHER SIDE OF THE SHEET. THESE REGIONS AND THE REGISTRATION ARE GIVEN BELOW: STRAND 3 LEU 213 ASN 217 0 STRAND 5 PHE 368 VAL 375 +1 LEU 215 O - PHE 368 N. SHEETS C AND C2: PART OF THESE SHEETS IS STRONGLY TWISTED. EACH OF THESE SHEETS ALSO CONTAINS A STRAND (COMPRISING RESIDUES 400 - 403 FOR SHEET C, 387 - 390 FOR SHEET C2) THAT BELONGS TO A DIFFERENT MOLECULE. THESE STRANDS ARE, IN FACT, THE REACTIVE SITE LOOP IN THE 'ACTIVE CONFORMATION'. BECAUSE OF THE PDB REPRESENTATION OF SHEETS IT IS NOT POSSIBLE TO INCLUDE THESE STRANDS ON SHEET RECORDS BELOW. THE HYDROGEN BONDING LADDERS OF SHEETS B (AND B2) AND C (AND C2) OVERLAP IN ONE CORNER NEAR RESIDUES 812 - 813. THE ORIENTATION OF THE SHEETS IS, HOWEVER, SUFFICIENTLY DIFFERENT TO CALL THEM SEPARATE SHEETS. THE ORIENTATION OF RESIDUES 812 - 813 MOST CLOSELY MATCHES SHEET B (AND B2). THEY HAVE BEEN NAMED STRAND 0 IN ORDER TO REMAIN CONSISTENT WITH EXISTING NOMENCLATURE [SEE E.G. J. MOL. BIOL. 232 (1993), 223 - 241].

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTITHROMBIN III
B: ANTITHROMBIN III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2022
ポリマ－98,2022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.950, 101.170, 69.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.04905, -0.993178, 0.105794), (-0.989684, 0.034054, -0.139165), (0.134613, -0.111529, -0.984602)
ベクター: 56.26168, 83.50221, 50.16138)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*.

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要素

#1: タンパク質 ANTITHROMBIN III


分子量: 49101.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01008
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.15 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Schreuder, H.A., (1993) J.Mol.Biol., 229, 249.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21 %beta-octyl glucoside1drop
31 mMsodium azide1drop
40.1 mMPMSF1drop
510 mMsodium phosphate1drop
618-21 %(w/v)PEG40001drop
710 mMammonium sulfate1drop
8100 mMpotassium phosphate1drop
918-21 %(w/v)PEG40001reservoir
1010 mMammonium sulfate1reservoir
11100 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / Num. obs: 17266 / % possible obs: 85.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.179 -
obs0.179 15909
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6002 0 0 0 6002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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