PDB-1as5: SOLUTION STRUCTURE OF CONOTOXIN Y-PIIIE FROM CONUS PURPURASCENS, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1as5

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF CONOTOXIN Y-PIIIE FROM CONUS PURPURASCENS, NMR, 14 STRUCTURES

要素

CONOTOXIN Y-PIIIE

キーワード

NEUROTOXIN / CONOTOXIN / ACETYLCHOLINE

機能・相同性

Conotoxin / Conotoxin / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Psi-conotoxin PIIIE

機能・相同性情報

生物種

Conus purpurascens (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, IRMA

データ登録者

Mitchell, S.S. / Shon, K. / Foster, M.P. / Olivera, B.M. / Ireland, C.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional solution structure of conotoxin psi-PIIIE, an acetylcholine gated ion channel antagonist.
著者: Mitchell, S.S. / Shon, K.J. / Foster, M.P. / Davis, D.R. / Olivera, B.M. / Ireland, C.M.

履歴

登録	1997年8月13日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1as5.cif.gz	94.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1as5.ent.gz	76 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1as5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/1as5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/1as5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ijv-2 1p8b-d 1e4q-d 2v1v-d 2nlq-4 2mwk-d 1fqq-d 1iju-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CONOTOXIN Y-PIIIE

2.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	14 / 50	LEAST RESTRAINT VIOLATION, ENERGY
代表モデル	モデル #14

#1: タンパク質・ペプチド	CONOTOXIN Y-PIIIE 分子量: 2727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CONOTOXIN Y-PIIIE CONTAINS THE SAME DISULFIDE BONDING PATTERN AS THE MU-CONOTOXINS 由来: (組換発現) Conus purpurascens (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P56529

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	PE-COSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED ON THE SYNTHETIC PEPTIDE. NOE BUILD UP CURVES (100, 200, AND 400 MS) WERE GENERATED FOR ANALYSIS BY USING IRMA.

-
試料調製

詳細	内容: H2O/D2O
試料状態	イオン強度: 6 mM / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY 500 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	分類
BIOSYM	構造決定
BIOSYM	精密化

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING, IRMA / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NO REFINEMENT WAS DONE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION, ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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関連情報:EMDBヘッダ

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