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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1arx | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF CYANIDE-AND TRIIODIDE-BOUND FORMS OF ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE AT DIFFERENT PH VALUES. PERTURBATIONS OF ACTIVE SITE RESIDUES AND THEIR IMPLICATION IN ENZYME CATALYSIS | |||||||||
![]() | PEROXIDASE | |||||||||
![]() | PEROXIDASE (DONOR:H2O2 OXIDOREDUCTASE) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() lactoperoxidase activity / peroxidase / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fukuyama, K. / Kunishima, N. / Amada, F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of cyanide- and triiodide-bound forms of Arthromyces ramosus peroxidase at different pH values. Perturbations of active site residues and their implication in enzyme catalysis. 著者: Fukuyama, K. / Kunishima, N. / Amada, F. / Kubota, T. / Matsubara, H. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Fungal Peroxidase from Arthromyces Ramosus at 1.9 Angstroms Resolution: Structural Comparisons with the Lignin and Cytochrome C Peroxidases 著者: Kunishima, N. / Fukuyama, K. / Matsubara, H. / Hatanaka, H. / Shibano, Y. / Amachi, T. #2: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Peroxidase from a Fungus Arthromyces Ramosus 著者: Kunishima, N. / Fukuyama, K. / Wakabayashi, S. / Sumida, M. / Takaya, M. / Shibano, Y. / Amachi, T. / Matsubara, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 541.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 547.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35722.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 6.5 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 5種, 294分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 化合物 | ChemComp-HEM / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 24 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: seeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 20924 / % possible obs: 78.2 % / Num. measured all: 77736 / Rmerge(I) obs: 0.0573 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→7 Å / Rfactor Rwork: 0.169 / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR/PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 20379 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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