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- PDB-1aq6: STRUCTURE OF L-2-HALOACID DEHALOGENASE FROM XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aq6
タイトルSTRUCTURE OF L-2-HALOACID DEHALOGENASE FROM XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS
要素L-2-HALOACID DEHALOGENASE
キーワードDEHALOGENASE / L-2-HALOACID DEHALOGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / (S)-2-haloacid dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structure of L-2-haloacid dehalogenase from Xanthobacter autotrophicus GJ10 complexed with the substrate-analogue formate.
著者: Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of L-2-Haloacid Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10
著者: Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1997年8月7日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / refine / struct_site
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _refine.ls_percent_reflns_obs ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-2-HALOACID DEHALOGENASE
B: L-2-HALOACID DEHALOGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1275
ポリマ－54,9892
非ポリマー1383
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.246, 84.160, 91.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.996674, -0.007367, 0.08116), (0.007103, -0.999968, -0.003545), (0.081184, -0.002956, 0.996695)
ベクター: 112.678, -0.129, -4.546)

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要素

#1: タンパク質 L-2-HALOACID DEHALOGENASE


分子量: 27494.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: SUBSTRATE ANALOGUE FORMATE PRESENT IN BOTH ACTIVE SITES
由来: (天然) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: GJ10 / 参照: UniProt: Q60099, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化手法: macroseeding / pH: 7
詳細: MACROSEEDING, DROP: 16% PEG8000, 200 MM SODIUM FORMATE, 100 MM BIS-TRIS PH 7.0; WELL: 22% PEG8000, 200 MM SODIUM FORMATE, 100 MM BIS-TRIS PH 7.0, macroseeding
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding / PH range low: 7 / PH range high: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlprotein1drop
216 %(w/v)PEG80001drop
3200 mMsodium formate1drop
4100 mMBis-Tris1drop
520-22 %PEG80001reservoir
6200 mMsodium formate1reservoir
7100 mMbis-Tris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.883
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月30日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 32507 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 438845

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.95→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1501 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 30835 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 9 334 4115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0250.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0812.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4612
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.1673
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.9614
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02010.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0960.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2470.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor34.820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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