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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1apy | |||||||||
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タイトル | HUMAN ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE | |||||||||
![]() | (ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE) x 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE / GLYCOSYLASPARAGINASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase / N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase activity / asparaginase activity / protein deglycosylation / beta-aspartyl-peptidase activity / azurophil granule lumen / lysosome / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis ...N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase / N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase activity / asparaginase activity / protein deglycosylation / beta-aspartyl-peptidase activity / azurophil granule lumen / lysosome / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Rouvinen, J. / Oinonen, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of human lysosomal aspartylglucosaminidase. 著者: Oinonen, C. / Tikkanen, R. / Rouvinen, J. / Peltonen, L. #1: ![]() タイトル: Large-Scale Purification and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Human Aspartylglucosaminidase 著者: Tikkanen, R. / Rouvinen, J. / Torronen, A. / Kalkkinen, N. / Peltonen, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 489.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8946, -0.055, 0.4435), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17293.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P20933, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase #2: タンパク質 | 分子量: 15085.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P20933, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 4.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Tikkanen, R., (1996) Protein Struct. Func. Genet., 24, 253. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月10日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 37933 / % possible obs: 72.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0651 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 37768 / % possible obs: 76.2 % / Num. measured all: 95095 / Rmerge(I) obs: 0.0651 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å / % possible obs: 34.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 33326 / Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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