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- PDB-1aph: CONFORMATIONAL CHANGES IN CUBIC INSULIN CRYSTALS IN THE PH RANGE 7-11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aph
タイトルCONFORMATIONAL CHANGES IN CUBIC INSULIN CRYSTALS IN THE PH RANGE 7-11
要素
  • INSULIN A CHAIN (PH 7)
  • INSULIN B CHAIN (PH 7)
キーワードHORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / response to nutrient levels / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DICHLOROETHANE / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gursky, O. / Badger, J. / Li, Y. / Caspar, D.L.D.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1992
タイトル: Conformational changes in cubic insulin crystals in the pH range 7-11.
著者: Gursky, O. / Badger, J. / Li, Y. / Caspar, D.L.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1992
タイトル: Monovalent Cation Binding in Cubic Insulin Crystals
著者: Gursky, O. / Li, Y. / Badger, J. / Caspar, D.L.D.
#2: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1992
タイトル: Flexibility in Crystalline Insulins
著者: Badger, J.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: Structure of the Pig Insulin Dimer in the Cubic Crystal
著者: Badger, J. / Harris, M.R. / Reynolds, C.D. / Evans, A.C. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / North, A.C.T.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Water Structure in Cubic Insulin Crystals
著者: Badger, J. / Caspar, D.L.D.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Zinc-Free Cubic Pig Insulin: Crystallization and Structure Determination
著者: Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Lewitova, A. / Sabesan, M.
履歴
登録1992年10月30日処理サイト: BNL
改定 1.01993年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THERE IS A SHEET COMPRISING TWO ANTIPARALLEL STRANDS PHE B 24 - TYR B 26 FROM TWO DIMER- ...SHEET THERE IS A SHEET COMPRISING TWO ANTIPARALLEL STRANDS PHE B 24 - TYR B 26 FROM TWO DIMER-FORMING INSULIN MOLECULES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN A CHAIN (PH 7)
B: INSULIN B CHAIN (PH 7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8433
ポリマ－5,7442
非ポリマー991
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3390 Å2
手法PISA
2
A: INSULIN A CHAIN (PH 7)
B: INSULIN B CHAIN (PH 7)
ヘテロ分子

A: INSULIN A CHAIN (PH 7)
B: INSULIN B CHAIN (PH 7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6856
ポリマ－11,4874
非ポリマー1982
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area4750 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
3
A: INSULIN A CHAIN (PH 7)
B: INSULIN B CHAIN (PH 7)
ヘテロ分子

A: INSULIN A CHAIN (PH 7)
B: INSULIN B CHAIN (PH 7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6856
ポリマ－11,4874
非ポリマー1982
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_556-x+1/2,y,-z+11
Buried area3960 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area6300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.900, 78.900, 78.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-224-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド INSULIN A CHAIN (PH 7)


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド INSULIN B CHAIN (PH 7)


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#3: 化合物 ChemComp-DCE / 1,2-DICHLOROETHANE / ETHYLENE DICHLORIDE / 1,2-ジクロロエタン


分子量: 98.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4Cl2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE 1,2-DICHLOROETHANE IS BOUND IS CIS CONFORMATION IN A SYMMETRIC POSITION ACROSS THE ...THE 1,2-DICHLOROETHANE IS BOUND IS CIS CONFORMATION IN A SYMMETRIC POSITION ACROSS THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS BETWEEN THE TWO INSULIN DIMER-FORMING MOLECULES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 9.2 / 手法: microdialysis
詳細: referred to 'Dodson, E.J.', (1978) J.Mol.Biol., 125, 387-396
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein11
20.01 MNa3EDTA11
30.2 M12Na2HPO4

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 5431 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 21745 / Rmerge(I) obs: 0.095

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.2 / 最高解像度: 2 Å
詳細: IN 1BPH AND 1CPH, THE SIDE CHAIN OF GLU A 4 CAN ADOPT TWO ALTERNATIVE POSITIONS WHICH OVERLAP. THEIR RELATIVE WEIGHT AND THE ATOMIC POSITIONS OF THE SECOND CONFORMER ARE NOT ACCURATELY ...詳細: IN 1BPH AND 1CPH, THE SIDE CHAIN OF GLU A 4 CAN ADOPT TWO ALTERNATIVE POSITIONS WHICH OVERLAP. THEIR RELATIVE WEIGHT AND THE ATOMIC POSITIONS OF THE SECOND CONFORMER ARE NOT ACCURATELY DETERMINED. IN 1APH, 1BPH, AND 1DPH, THE SIDE CHAIN OF GLU B 21 IS DISORDERED. IT HAS BEEN MODELED AS SUPERPOSITION OF TWO CONFORMATIONS BUT ATOMIC POSITIONS FOR THESE CONFORMATIONS ARE PROBABLY NOT VERY ACCURATE. THE MAIN AND SIDE CHAIN OF ALA B 30 (C-TERMINAL RESIDUE OF CHAIN B) CAN ADOPT TWO SEPARATE CONFORMATIONS AND IS DISORDERED IN EACH OF THESE CONFORMATIONS, WHICH LIMITED THE ACCURACY OF DETERMINATION OF ATOMIC POSITIONS FOR THE CONFORMERS OF ALA B 30. IN 1APH AND 1CPH, SINGLE ALTERNATIVE CONFORMERS ARE PREDOMINANT BUT, DUE TO DISORDER, THEY ARE ASSIGNED PARTIAL OCCUPANCIES. IN 1BPH AND 1DPH, BOTH ALTERNATIVE CONFORMERS ARE INCLUDED IN THE ENTRY.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数434 0 4 56 494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.02
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.051
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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