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- PDB-6qrh: High pressure structure of bovine insulin (100 MPa) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qrh
タイトルHigh pressure structure of bovine insulin (100 MPa)
要素(Insulin) x 2
キーワードHORMONE / glucose metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / response to nutrient levels / hormone activity / positive regulation of insulin secretion / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.152 Å
データ登録者Kurpiewska, K. / Milaczewska, A. / Lewinski, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2020
タイトル: Insulin conformational changes under high pressure in structural studies and molecular dynamics simulations
著者: Kurpiewska, K. / Milaczewska, A. / Lewinski, K.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin
B: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7442
ポリマ－5,7442
非ポリマー00
水37821
1
A: Insulin
B: Insulin

A: Insulin
B: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4874
ポリマ－11,4874
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_545-x,-y-1/2,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area5350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.380, 78.380, 78.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 0.01 M Na3 EDTA, 0.1 M Na2HEDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION SUPERNOVA / 波長: 0.7107 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月15日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→16 Å / Num. all: 7347 / Num. obs: 4461 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 402 / CC1/2: 0.656 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
CrysalisProデータ収集
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BN3

2bn3


解像度: 2.152→15.999 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 454 10.2 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.197 4452 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.152→15.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数400 0 0 21 421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.859591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.925294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1525-2.46290.30161380.27171330X-RAY DIFFRACTION99
2.4629-3.09930.28521490.22641320X-RAY DIFFRACTION99
3.0993-15.99970.18471670.14441348X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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