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- PDB-1ap0: STRUCTURE OF THE CHROMATIN BINDING (CHROMO) DOMAIN FROM MOUSE MOD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ap0
タイトルSTRUCTURE OF THE CHROMATIN BINDING (CHROMO) DOMAIN FROM MOUSE MODIFIER PROTEIN 1, NMR, 26 STRUCTURES
要素MODIFIER PROTEIN 1
キーワードCHROMATIN-BINDING / PROTEIN INTERACTION MOTIF / ALPHA+BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / pericentric heterochromatin / spindle / chromosome, telomeric region / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription ...chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / pericentric heterochromatin / spindle / chromosome, telomeric region / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / SA FROM RANDOM COORDINATES
データ登録者Ball, L.J. / Murzina, N.V. / Broadhurst, R.W. / Raine, A.R.C. / Archer, S.J. / Stott, F.J. / Murzin, A.G. / Singh, P.B. / Domaille, P.J. / Laue, E.D.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Structure of the chromatin binding (chromo) domain from mouse modifier protein 1.
著者: Ball, L.J. / Murzina, N.V. / Broadhurst, R.W. / Raine, A.R. / Archer, S.J. / Stott, F.J. / Murzin, A.G. / Singh, P.B. / Domaille, P.J. / Laue, E.D.
履歴
登録1997年7月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MODIFIER PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6951
ポリマ－8,6951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 300 VIOLATIONS > 0.5 A
代表モデルモデル #24

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要素

#1: タンパク質 MODIFIER PROTEIN 1 / MOMOD1 / HETEROCHROMATIN PROTEIN 1


分子量: 8694.559 Da / 分子数: 1 / 断片: CHROMATIN-BINDING (CHROMO), RESIDUES 10 - 80 / 変異: K8H, K9M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET16B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P83917

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112
1213 AND 4D 1H
13115N AND 13C SPECTRA: CBCA(CO)NNH
141CBCANNH
15115N-TOCSY-HMQC
161HNHB
17113C/15N-HCC(CO)NNH
18113C/15N-HCCNNH
19113C-(H)CCH-TOCSY
1101CBHD
1111CBHE
1121DQF-COSY
1131NOESY
114113C AND 15N -NOESY-HMQC
115115N-1H-COSY
11611H-15N-HMQC
NMR実験の詳細Text: TRIPLE-RESONANCE EXPERIMENTS ON 13C/15N DOUBLE-LABELLED MATERIAL

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試料調製

詳細内容: 90% H2O 10% D2O
試料状態pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: SA FROM RANDOM COORDINATES / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 0 VIOLATIONS > 0.5 A / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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