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- PDB-1aoc: JAPANESE HORSESHOE CRAB COAGULOGEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aoc
タイトルJAPANESE HORSESHOE CRAB COAGULOGEN
要素COAGULOGEN
キーワードCOAGULATION FACTOR / CLOTTABLE PROTEIN / CYSTINE KNOT SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolymph coagulation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Coagulin / Coagulin / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tachypleus tridentatus (カブトガニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bergner, A. / Oganessyan, V. / Muta, T. / Iwanaga, S. / Typke, D. / Huber, R. / Bode, W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a coagulogen, the clotting protein from horseshoe crab: a structural homologue of nerve growth factor.
著者: Bergner, A. / Oganessyan, V. / Muta, T. / Iwanaga, S. / Typke, D. / Huber, R. / Bode, W.
履歴
登録1996年11月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULOGEN
B: COAGULOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5793
ポリマ－39,4832
非ポリマー961
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.200, 52.200, 232.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 COAGULOGEN


分子量: 19741.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tachypleus tridentatus (カブトガニ) / 参照: UniProt: P02681
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M NA-ACETATE, PH 4.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.8-7 mg/mlcoagulogen1drop
20.2 Mammonium sulfate1drop
30.04 Msodium acetate1drop
40.04 mMcadmium sulfate1drop
50.5 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoir
70.1 mMcadmium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. obs: 23437 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rsym value: 0.187 / % possible all: 92.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→6 Å / Data cutoff high absF: 0.01 / Data cutoff low absF: 100000
詳細: THERE ARE SOME REGIONS THAT ARE BAD, IF THEY ARE AT ALL DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY, NAMELY THE N-TERMINAL RESIDUES 1 - 6 AND THE REGIONS AROUND THE CLEAVAGE SITES (13 - 23, 42 - 47). THE ...詳細: THERE ARE SOME REGIONS THAT ARE BAD, IF THEY ARE AT ALL DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY, NAMELY THE N-TERMINAL RESIDUES 1 - 6 AND THE REGIONS AROUND THE CLEAVAGE SITES (13 - 23, 42 - 47). THE OCCUPANCY OF THESE RESIDUES HAS BEEN SET TO 0.0. THE R VALUE OF THIS MODEL IS 0.195 AND R FREE IS 0.283.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 2296 10 %
Rwork0.191 --
obs0.191 23067 92 %
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 5 195 2943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.15
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 227 10 %
Rwork0.32 1879 -
obs--92.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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