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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1anu | ||||||
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タイトル | COHESIN-2 DOMAIN OF THE CELLULOSOME FROM CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM | ||||||
要素 | COHESIN-2 | ||||||
キーワード | COHESIN / SCAFFOLDING / CELLULOSE DIGESTION / BETA SANDWICH / THERMOPHILE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium thermocellum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Shimon, L.J.W. / Yaron, S. / Shoham, Y. / Lamed, R. / Morag, E. / Bayer, E.A. / Frolow, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: A cohesin domain from Clostridium thermocellum: the crystal structure provides new insights into cellulosome assembly. 著者: Shimon, L.J. / Bayer, E.A. / Morag, E. / Lamed, R. / Yaron, S. / Shoham, Y. / Frolow, F. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: Expression, Purification and Subunit-Binding Properties of Cohesins 2 and 3 of the Clostridium Thermocellum Cellulosome 著者: Yaron, S. / Morag, E. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Shoham, Y. #2: ジャーナル: Trends Biotechnol. / 年: 1994 タイトル: The Cellulosome--A Treasure-Trove for Biotechnology 著者: Bayer, E.A. / Morag, E. / Lamed, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1anu.cif.gz | 37.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1anu.ent.gz | 25.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1anu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1anu_validation.pdf.gz | 413.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1anu_full_validation.pdf.gz | 414 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1anu_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1anu_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/1anu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/1anu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14752.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: INCORPORATES CELLULOLYTIC ENZYME INTO THE SCAFFOLDING PROTEIN OF CELLULOSOME 由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 株: YS / 細胞内の位置: EXOCELLULAR PROTUBERANCE / 遺伝子: CIPA (CIPB) / Organelle: CELLULOSOME / プラスミド: PQE-COH2/PREP4 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): 6XHIS-COH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: Q06851 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.6 / 詳細: 28% PEG 6000, 750 MM LICL, 100 MM TRIS-HCL, PH 8.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 8276 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 31.25 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.283 / % possible all: 84 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 42676 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.15→30 Å / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.197 / Rfactor obs: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.15 Å / Rfactor Rfree: 0.369 / Rfactor Rwork: 0.351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.351 |