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万見
- PDB-1anu: COHESIN-2 DOMAIN OF THE CELLULOSOME FROM CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1anu
タイトルCOHESIN-2 DOMAIN OF THE CELLULOSOME FROM CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM
要素COHESIN-2コヒーシン
キーワードCOHESIN (コヒーシン) / SCAFFOLDING (足場) / CELLULOSE DIGESTION / BETA SANDWICH / THERMOPHILE (好熱菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. ...Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulosomal-scaffolding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Shimon, L.J.W. / Yaron, S. / Shoham, Y. / Lamed, R. / Morag, E. / Bayer, E.A. / Frolow, F.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: A cohesin domain from Clostridium thermocellum: the crystal structure provides new insights into cellulosome assembly.
著者: Shimon, L.J. / Bayer, E.A. / Morag, E. / Lamed, R. / Yaron, S. / Shoham, Y. / Frolow, F.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Expression, Purification and Subunit-Binding Properties of Cohesins 2 and 3 of the Clostridium Thermocellum Cellulosome
著者: Yaron, S. / Morag, E. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Shoham, Y.
#2: ジャーナル: Trends Biotechnol. / 年: 1994
タイトル: The Cellulosome--A Treasure-Trove for Biotechnology
著者: Bayer, E.A. / Morag, E. / Lamed, R.
履歴
登録1996年7月19日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COHESIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7531
ポリマ－14,7531
非ポリマー00
水43224
1
A: COHESIN-2

A: COHESIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5052
ポリマ－29,5052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)79.509, 47.862, 51.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 COHESIN-2 / コヒーシン


分子量: 14752.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: INCORPORATES CELLULOLYTIC ENZYME INTO THE SCAFFOLDING PROTEIN OF CELLULOSOME
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: YS / 細胞内の位置: EXOCELLULAR PROTUBERANCE / 遺伝子: CIPA (CIPB) / Organelle: CELLULOSOME / プラスミド: PQE-COH2/PREP4 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): 6XHIS-COH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: Q06851
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 8.6 / 詳細: 28% PEG 6000, 750 MM LICL, 100 MM TRIS-HCL, PH 8.6
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mg/mlprotein1drop
228 %(w/v)PEG60001reservoir
30.75 M1reservoirLiCl
4100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 8276 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 31.25
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.283 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Num. measured all: 42676
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.15→30 Å / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.197 / Rfactor obs: 0.197
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1324 0 0 24 1348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.467
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.34
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.056
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル最高解像度: 2.15 Å / Rfactor Rfree: 0.369 / Rfactor Rwork: 0.351
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.34
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.056
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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