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- PDB-1an8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOCOCCAL SUPERANTIGEN SPE-C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1an8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOCOCCAL SUPERANTIGEN SPE-C
要素STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN C
キーワードBACTERIAL SUPERANTIGEN / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exotoxin type C / Exotoxin type C
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Roussel, A. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the streptococcal superantigen SPE-C: dimerization and zinc binding suggest a novel mode of interaction with MHC class II molecules.
著者: Roussel, A. / Anderson, B.F. / Baker, H.M. / Fraser, J.D. / Baker, E.N.
履歴
登録1997年6月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3841
ポリマ－24,3841
非ポリマー00
水2,522140
1
A: STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN C

A: STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7692
ポリマ－48,7692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)75.410, 75.410, 168.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN C / SPE-C


分子量: 24384.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13380, UniProt: Q8NKX2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.01 %
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.7 M AMMONIUM SULFATE IN 0.1 M TRIS/HCL BUFFER AT PH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.5 mg/mlprotein1drop
20.1 Mphosphate1drop
32.7 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / タイプ: PHOTON FACTORY / 波長: 1
検出器タイプ: FILM / 検出器: FILM / 日付: 1996年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 17866 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.317 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.42→2.57 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 71127 / Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.4 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: X-PLOR ALSO WAS USED. RESIDUE 3 HAS NO REPORTED DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1221 7 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.174 17866 --
obs0.174 16645 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: TRONRUD METHOD / Bsol: 189.6 Å2 / ksol: 0.734 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1702 0 0 140 1842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0117391.2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.26623391.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22.12710310
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.009522
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0142465
X-RAY DIFFRACTIONt_it2.66817394
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0332710
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg22.1270
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0092
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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