PDB-1am0: AMP RNA APTAMER COMPLEX, NMR, 8 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1am0

タイトル

AMP RNA APTAMER COMPLEX, NMR, 8 STRUCTURES

要素

RNA APTAMER

キーワード

RNA / COMPLEX (RIBONUCLEIC ACID-AMP) / RNA APTAMER / GNRA MOTIF / G(DOT)G MISMATCH / G(DOT)A MISMATCH / RIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

ADENOSINE MONOPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Jiang, F. / Kumar, R.A. / Jones, R.A. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structural Basis of RNA Folding and Recognition in an AMP-RNA Aptamer Complex
著者: Jiang, F. / Kumar, R.A. / Jones, R.A. / Patel, D.J.

履歴

登録	1997年6月19日	処理サイト: BNL
置き換え	1997年7月23日	ID: 1ARA
改定 1.0	1997年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1am0.cif.gz	100.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1am0.ent.gz	75.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1am0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1am0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1am0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6khz-4 5viz-d 5urt-d 5hpr-d 1b2f-d 6or0-d 5usp-d 5j05-d 4iyd-d 1ji9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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エクスプレソーム (Expressome)
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類似性 (1)
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#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA APTAMER

ヘテロ分子

13.3 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	8 / 8	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: RNA鎖	RNA APTAMER 分子量: 12945.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	IN D2O - NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	2D (1)H-(31)P COSY
1	5	1	2D(1)H-(13)C CT HSQC
1	6	1	3D (1)H-(13)C-(1)H NOESY-HMQC
1	7	1	(H)CCH-TOCSY
1	8	1	(H)CCH-COSY. DISTANCE RESTRAINTS FROM 120 MS NOESY
1	9	1	120 MS 3D NOESY-HMQC.

-
試料調製

試料状態

Conditions-ID	pH	温度 (K)
1	6.7	288 K
2	6.7	273 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	500	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称: X-PLOR 3.1F / バージョン: 3.1F / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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