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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1alv | ||||||
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タイトル | CALCIUM BOUND DOMAIN VI OF PORCINE CALPAIN | ||||||
![]() | CALPAIN | ||||||
![]() | CALCIUM BINDING / CALMODULIN LIKE / DOMAIN OF CYSTEIN PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Degradation of the extracellular matrix / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Narayana, S.V.L. / Lin, G. / Chattopadhyay, D. / Maki, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of calcium bound domain VI of calpain at 1.9 A resolution and its role in enzyme assembly, regulation, and inhibitor binding. 著者: Lin, G.D. / Chattopadhyay, D. / Maki, M. / Wang, K.K. / Carson, M. / Jin, L. / Yuen, P.W. / Takano, E. / Hatanaka, M. / DeLucas, L.J. / Narayana, S.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.366379, 0.929391, 0.044715), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19883.477 Da / 分子数: 2 / 断片: CALCIUM BINDING DOMAIN VI / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG6000 20 MM CACL2, 50 MM CACODYLATE BUFFER, PH7.4 |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 33812 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 90 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |