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- PDB-1al3: COFACTOR BINDING FRAGMENT OF CYSB FROM KLEBSIELLA AEROGENES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1al3
タイトルCOFACTOR BINDING FRAGMENT OF CYSB FROM KLEBSIELLA AEROGENES
要素CYS REGULON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR CYSB
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / LYSR FAMILY / CYSTEINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator CysB
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Verschueren, K.H.G. / Tyrrell, R. / Wilkinson, A.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The structure of the cofactor-binding fragment of the LysR family member, CysB: a familiar fold with a surprising subunit arrangement.
著者: Tyrrell, R. / Verschueren, K.H. / Dodson, E.J. / Murshudov, G.N. / Addy, C. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録1997年6月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYS REGULON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR CYSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1042
ポリマ－36,0081
非ポリマー961
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.380, 107.530, 32.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-671-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYS REGULON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR CYSB


分子量: 36008.109 Da / 分子数: 1 / 断片: COFACTOR BINDING FRAGMENT, RESIDUES 88 - 324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
解説: KLEBSIELLA AEROGENES NCTC 418. CHYMOTRYPTIC C-TERMINAL COFACTOR BINDING FRAGMENT OF CYSB
遺伝子: CYSB / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P45600
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: COFACTOR BINDING DOMAIN WAS CRYSTALLISED IN HANGING DROPS AT 18 DEGREES CELSIUS FROM 14% MONO-METHYLETHER PEG750, 100MM MES PH 6.5, vapor diffusion - hanging drop, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 %mono-methylether PEG7501reservoir
20.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 22479 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 84.9
反射
*PLUS
Num. obs: 20911 / % possible obs: 93 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
CCP4データ削減
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1054 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs-22479 94.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 5 253 2296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.382
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.453
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.172
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.883
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.320.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.270.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 20911 / Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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