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万見
- PDB-1akh: MAT A1/ALPHA2/DNA TERNARY COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1akh
タイトルMAT A1/ALPHA2/DNA TERNARY COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*C P*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*A P*CP*AP*TP*G)-3')
  • PROTEIN (MATING-TYPE PROTEIN A-1)
  • PROTEIN (MATING-TYPE PROTEIN ALPHA-2)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / COMPLEX (TWO DNA-BINDING PROTEINS-DNA) / COMPLEX / DNA-BINDING PROTEIN / DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of mating-type specific transcription, DNA-templated / RNA polymerase II transcription repressor complex / DNA binding, bending / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...: / regulation of mating-type specific transcription, DNA-templated / RNA polymerase II transcription repressor complex / DNA binding, bending / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mating-type protein A1 / Mating-type protein ALPHA2 / Mating-type protein A1 / Silenced mating-type protein ALPHA2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, T. / Jin, Y. / Vershon, A.K. / Wolberger, C.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the MATa1/MATalpha2 homeodomain heterodimer in complex with DNA containing an A-tract.
著者: Li, T. / Jin, Y. / Vershon, A.K. / Wolberger, C.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of an A1/Alpha 2/DNA Ternary Complex
著者: Li, T. / Stark, M. / Johnson, A.D. / Wolberger, C.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the MATa1/MAT Alpha 2 Homeodomain Heterodimer Bound to DNA
著者: Li, T. / Stark, M.R. / Johnson, A.D. / Wolberger, C.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Erratum. Crystal Structure of the MATa1/MAT Alpha 2 Homeodomain Heterodimer Bound to DNA
著者: Li, T. / Stark, M.R. / Johnson, A.D. / Wolberger, C.
履歴
登録1997年5月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*C P*AP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*A P*CP*AP*TP*G)-3')
A: PROTEIN (MATING-TYPE PROTEIN A-1)
B: PROTEIN (MATING-TYPE PROTEIN ALPHA-2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8184
ポリマ－29,8184
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.250, 132.250, 45.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*C P*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6413.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*A P*CP*AP*TP*G)-3')


分子量: 6466.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (MATING-TYPE PROTEIN A-1)


分子量: 7165.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MAT A1 RESIDUES 66 - 126 / プラスミド: PMS-K66 / 遺伝子 (発現宿主): MAT A1 RESIDUES 66 - 126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01366, UniProt: P0CY10*PLUS
#4: タンパク質 PROTEIN (MATING-TYPE PROTEIN ALPHA-2)


分子量: 9773.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MAT ALPHA2 RESIDUES 128 - 210 / プラスミド: PAV105 / 遺伝子 (発現宿主): MAT ALPHA2 RESIDUES 128 - 210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6B2C0, UniProt: P0CY08*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100MM HEPES PH 7.0, 20MM CACL2, 5MM [CO(NH3)6]CL3., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2HEPES BUFFER11
3CACL211
4COBALT HEXAMINE11
5WATER12
6HEPES BUFFER12
7CACL212
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 67.6 %
結晶化
*PLUS
pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMHEPES1drop
210 mM1dropCaCl2
32.5-5 mMcobaltic hexamine1drop
4150-200 mMHEPES1reservoir
520 mM1reservoirCaCl2
61
71

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 15656 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 7.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / % possible all: 67
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 31013 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
R-AXISデータ削減
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YRN

1yrn


解像度: 2.5→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 -10 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs-12913 --
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 855 0 51 1907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.87
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 1 10 %
Rwork0.324 935 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2RNA-DNA.PARMTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM11.INTRNA-DNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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