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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ajv | ||||||
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タイトル | HIV-1 PROTEASE IN COMPLEX WITH THE CYCLIC SULFAMIDE INHIBITOR AHA006 | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | ASPARTYL PROTEASE / PROTEASE / NON-PEPTIDE INHIBITOR / DRUG DESIGN / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Backbro, K. / Unge, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unexpected binding mode of a cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitor. 著者: Backbro, K. / Lowgren, S. / Osterlund, K. / Atepo, J. / Unge, T. / Hulten, J. / Bonham, N.M. / Schaal, W. / Karlen, A. / Hallberg, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 788.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 787.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: BH10 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: PROTEASE / プラスミド: PET11C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): PROTEASE / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NMB / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED BY VAPOR DIFFUSION. PROTEASE (2 MG/ML) AND INHIBITOR (40 MM IN DMSO) WAS MIXED IN A RATIO OF 1:1 AND SUBJECTED TO COCRYSTALLIZATION. DROPS CONSISTING OF 5 ...詳細: CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED BY VAPOR DIFFUSION. PROTEASE (2 MG/ML) AND INHIBITOR (40 MM IN DMSO) WAS MIXED IN A RATIO OF 1:1 AND SUBJECTED TO COCRYSTALLIZATION. DROPS CONSISTING OF 5 MICROLITERS OF THE PROTEASE-INHIBITOR MIXTURE PLUS 5 MICROLITERS OF THE CRYSTALLIZATION BUFFER (50 MM MES PH 5.5, 0.4 M NACL AND 0.02% (W/V) NAN3) WERE EQUILIBRATED AGAINST THE SAME BUFFER AT 4 DEGREES C., vapor diffusion, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 14846 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.088 / % possible all: 80 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 73708 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4PHV 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.088 |