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- PDB-1aju: HIV-2 TAR-ARGININAMIDE COMPLEX, NMR, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aju
タイトルHIV-2 TAR-ARGININAMIDE COMPLEX, NMR, 20 STRUCTURES
要素TAR RNA
キーワードRNA / COMPLEX (RIBONUCLEIC ACID-LIGAND) / TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION / PROTEIN-RNA INTERACTIONS
機能・相同性ARGININE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / RANDOM COORDINATES, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Brodsky, A.S. / Williamson, J.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the HIV-2 TAR-argininamide complex.
著者: Brodsky, A.S. / Williamson, J.R.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996
タイトル: Geometric Parameters in Nucleic Acids: Sugar and Phosphate Constituents
著者: Gelbin, A. / Schneider, B. / Clowny, L. / Hsieh, S.-H. / Olsen, W.K. / Berman, H.M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type-1 Tar RNA Reveals Principles of RNA Recognition by Tat Protein
著者: Aboul-Ela, F. / Karn, J. / Varani, G.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Role of RNA Structure in Arginine Recognition of Tar RNA
著者: Puglisi, J.D. / Chen, L. / Frankel, A.D. / Williamson, J.R.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Conformation of the Tar RNA-Arginine Complex by NMR Spectroscopy
著者: Puglisi, J.D. / Tan, R. / Calnan, B.J. / Frankel, A.D. / Williamson, J.R.
履歴
登録1997年5月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAR RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8282
ポリマ－9,6531
非ポリマー1751
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20LEAST RESTRAINTS AND LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 TAR RNA / TAR


分子量: 9652.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: SEE PAPER

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試料調製

試料状態pH: 6.4 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VXR500VarianVXR5005001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5912
HOME MADE HOME MADEHOME MADEHOME MADE7503

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: RANDOM COORDINATES, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: BOND LENGTHS AND ANGLES WERE USED AS DESCRIBED BY THE NUCLEIC ACID DATABASE (SEE REFERENCE REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINTS AND LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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