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万見
- PDB-1ajk: CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE CP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ajk
タイトルCIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE CPA16M-84
要素CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / GLUCANASE / CIRCULAR PERMUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


licheninase / licheninase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus macerans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ay, J. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1998
タイトル: Crystal structures and properties of de novo circularly permuted 1,3-1,4-beta-glucanases.
著者: Ay, J. / Hahn, M. / Decanniere, K. / Piotukh, K. / Borriss, R. / Heinemann, U.
履歴
登録1997年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
B: CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5227
ポリマ－47,8702
非ポリマー6525
水5,459303
1
A: CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3094
ポリマ－23,9351
非ポリマー3733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2143
ポリマ－23,9351
非ポリマー2782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.450, 65.820, 69.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.82105, -0.03541, -0.56976), (0.04072, -0.99916, 0.00343), (-0.5694, -0.02038, 0.8218)
ベクター: 10.39901, 63.0936, 39.80625)

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要素

#1: タンパク質 CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE / CPA16M-84


分子量: 23935.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus macerans (バクテリア)
細胞株: DH5ALPHA / プラスミド: PTZ19R / 細胞株 (発現宿主): DH5ALPHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23904, licheninase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細BOTH INDEPENDENT MOLECULES OF CPA16M-84 SHOW A CATION BINDING SITE WITH A CALCIUM ION IN OCTAHEDRAL ...BOTH INDEPENDENT MOLECULES OF CPA16M-84 SHOW A CATION BINDING SITE WITH A CALCIUM ION IN OCTAHEDRAL COORDINATION AND A HEPES BUFFER MOLECULE IN THE ACTIVE SITE. A PHOSPHATE MOLECULE IS BOUND BETWEEN LYS 56 AND ARG 66 OF TWO SYMMETRY-RELATED MOLECULES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
解説: ONE LOW- AND ONE HIGH-RESOLUTION DATA SET WERE COLLECTED FROM ONE CRYSTAL.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: SITTING DROP METHOD: A SOLUTION OF 12 MG OF PROTEIN PER ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 50 MM K-PHOSPHATE, PH 7.0 AND 20% (BY WEIGHT) PEG 8000, ...詳細: SITTING DROP METHOD: A SOLUTION OF 12 MG OF PROTEIN PER ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 50 MM K-PHOSPHATE, PH 7.0 AND 20% (BY WEIGHT) PEG 8000, vapor diffusion - sitting drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
25 mMHEPES1drop
31 mM1dropCaCl2
425 mMpotassium phosphate1drop
510 %PEG80001drop
650 mMpotassium phosphate1reservoir
720 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→33.33 Å / Num. obs: 38698 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 94.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 132154
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AYH

2ayh


解像度: 1.8→33.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1786 5.08 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs-35910 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.83 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 33.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3284 0 38 303 3625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.2072.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.1314
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.842.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.0994
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1730.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 35910 / Rfactor all: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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