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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ajk | ||||||
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タイトル | CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE CPA16M-84 | ||||||
![]() | CIRCULARLY PERMUTED (1-3,1-4)-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLUCANASE / CIRCULAR PERMUTATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ay, J. / Heinemann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures and properties of de novo circularly permuted 1,3-1,4-beta-glucanases. 著者: Ay, J. / Hahn, M. / Decanniere, K. / Piotukh, K. / Borriss, R. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.82105, -0.03541, -0.56976), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23935.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 細胞株: DH5ALPHA / プラスミド: PTZ19R / 細胞株 (発現宿主): DH5ALPHA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | BOTH INDEPENDENT MOLECULES OF CPA16M-84 SHOW A CATION BINDING SITE WITH A CALCIUM ION IN OCTAHEDRAL ...BOTH INDEPENDEN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % 解説: ONE LOW- AND ONE HIGH-RESOLUTION DATA SET WERE COLLECTED FROM ONE CRYSTAL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: SITTING DROP METHOD: A SOLUTION OF 12 MG OF PROTEIN PER ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 50 MM K-PHOSPHATE, PH 7.0 AND 20% (BY WEIGHT) PEG 8000, ...詳細: SITTING DROP METHOD: A SOLUTION OF 12 MG OF PROTEIN PER ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0, 2 MM CA-CHLORIDE, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 50 MM K-PHOSPHATE, PH 7.0 AND 20% (BY WEIGHT) PEG 8000, vapor diffusion - sitting drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→33.33 Å / Num. obs: 38698 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.83 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 94.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 132154 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2AYH 解像度: 1.8→33.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 33.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.33 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 35910 / Rfactor all: 0.168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |